R 语言:finalfit包一键生成论文的三线表和回归分析森林图

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R 语言:finalfit包一键生成论文的三线表和回归分析森林图

2024-07-11 01:51| 来源: 网络整理| 查看: 265

finalfit包可用于统计模型结果输出和可视化。它旨在简化回归模型报告的生成过程。finalfit提供了一种简单的方式来创建回归模型的结果,生成的三线表和森林图直接用于论文。

finalfit包功能很强大,主要包括:1.创建回归模型的表格:finalfit可以根据回归模型对象(如lm、glm等)创建表格,展示变量的系数、标准误、显著性和置信区间等统计指标。2.模型比较:finalfit允许用户同时比较多个模型,并生成一个表格来显示模型之间的比较结果。3.模型拟合指标:finalfit可以计算和展示回归模型的拟合指标,如R²、AIC、BIC等。4.变量筛选:finalfit提供了一些函数来执行变量筛选,例如基于p值或信息准则的变量选择。5.图形可视化:finalfit可以创建变量的分布图和模型拟合图,以及用于比较模型的棒图和散点图。6.自定义报告输出:finalfit提供了一些选项,使用户能够自定义报告输出的样式、标签和格式。

finalfit包主要适用于线性回归模型、逻辑回归模型、Cox比例风险模型和广义线性模型(GLM)。本篇推文向大家介绍使用finalfit包做线性回归模型、逻辑回归模型、Cox比例风险模型,并将结果以三线表和森林图的形式输出。

1#加载包 2library(finalfit) 3library(dplyr) 4library(ggplot2) 1.表1:基本特征表 1data(colon_s) 2explanatory = c("age", "age.factor", "sex.factor", "obstruct.factor") 3dependent = "perfor.factor"  4colon_s %>% 5  summary_factorlist(dependent, explanatory, 6                     p=TRUE, add_dependent_label=TRUE) -> t1 7knitr::kable(t1, row.names=FALSE, align=c("l", "l", "r", "r", "r")) a3e7383a982b43805a331ae7c07dbd97.jpeg 2.线性回归,生成三线表并将结果可视化 1explanatory = c("age.factor", "sex.factor", "obstruct.factor", "perfor.factor") 2dependent = "nodes" 3colon_s %>% 4  finalfit(dependent, explanatory) -> t7 5knitr::kable(t7, row.names=FALSE, align=c("l", "l", "r", "r", "r")) 6colon_s %>% 7  coefficient_plot(dependent, explanatory) 9bfdbad02cc465ce7da6ea3505c84ce9.jpeg 829bf4dd31c6270e4803274dcceaccd6.jpeg 3.Logistic回归,生成三线表并将结果可视化 1explanatory = c("age.factor", "sex.factor", "obstruct.factor", "perfor.factor") 2explanatory_multi = c("age.factor", "obstruct.factor") 3dependent = 'mort_5yr' 4colon_s %>% 5  finalfit(dependent, explanatory, explanatory_multi) -> t4 6knitr::kable(t4, row.names=FALSE, align=c("l", "l", "r", "r", "r", "r")) 7colon_s %>% 8  or_plot(dependent, explanatory,  9          plot_opts=list(xlab("OR, 95% CI"), theme(axis.title = element_text(size=12)))) 057799051ffda9df257078a65c046f35.jpeg 28f4c8d0ad5102837f21f7a1165bff7e.jpeg 4.Cox比例风险模型,生成三线表并将结果可视化 1explanatory = c("age.factor", "sex.factor", "obstruct.factor", "perfor.factor") 2dependent = "Surv(time, status)" 3colon_s %>% 4  finalfit(dependent, explanatory) -> t6 5knitr::kable(t6, row.names=FALSE, align=c("l", "l", "r", "r", "r", "r")) 6colon_s %>% 7  hr_plot(dependent, explanatory, dependent_label = "Survival") 0fc33c6a6834fba553f3158aeff16a75.jpeg 713bedf57debf3535e4002bee3351065.jpeg 5.Kaplan-Meier生存曲线图 1explanatory = c("perfor.factor") 2dependent = "Surv(time, status)" 3colon_s %>% 4  surv_plot(dependent, explanatory,  5  xlab="Time (days)", pval=TRUE, legend="none") dbc6ccb08c41683520086273020cec61.jpeg

finalfit包的使用方法和示例可以在其官方文档中找到,大家感兴趣的话可以自行学习。

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