R数据分析:用lme4包拟合线性和非线性混合效应模型

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R数据分析:用lme4包拟合线性和非线性混合效应模型

2023-12-27 17:51| 来源: 网络整理| 查看: 265

快一个月没更新文章啦,今天收到好几个粉丝的催更私信,好的吧,实在对不住大家期待的眼神,看样子不能再拖啦,想想写啥好呢,大家咨询比较多的,混合模型算一个,今天就继续给大家写写混合模型如何做吧。

混合模型一般都可以用lme4这个包解决,lme4既可以做线性混合模型,也可以做广义线性混合模型还可以做非线性混合模型,大家有需要可以只研究这一个包就行。

所谓混合模型就是既有固定效应又有随机效应的模型:

“mixedeffects”, denotes a model that incorporates both fixed- and random-effects terms in a linear predictor expression from which the conditional mean of the response can be evaluated

第一部分 线性混合模型

直接上例子,数据是来自一篇研究睡眠剥夺的文献,整个数据大概长下图这样,其中我们的受试者在day0的时候可以睡到自然醒,在之后的日子里所有的受试者就只能睡3个小时了,我们的响应变量是Reaction,就是对受试者做的测验的响应时间,我现在关心睡眠剥夺后,响应时间的变化情况:

 

对于这么一个纵向数据,

我们来捋一捋:我们只有18个人受试者,每个受试者随访10次,我们需要明白的是,此时我们的每一次测量是嵌套在人的水平上的,我们可以认为,不同人自己的10次测量是有强烈的相关性的,而不同人之间的这种关系又不一定是相同的。

直观一点,我们可以画出来每一天所有人响应时间和睡眠剥夺的变化,画出来就是下图:

 

可以看到我们上面的这个大图是由很多个小图组成的,每一个小图中横轴就是睡眠剥夺的时间,纵轴是反应时间。每个小图就代表着我们要研究的睡眠剥夺和反应时间的关系(具体到人),但是我们也应该注意到这种关系在不同的人上是不同的,体现在:关系的斜率不同和截距不同。(这个关系的不同可以很明显的在图中看出来)

所以我们就可以拟合一个带有随机效应的混合模型:

fm1


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