使用gmx make_ndx创建两个组, 一个包含中心分子, 一个包含要统计SDF的原子

我试过两种方案，一种是以一个表活剂作为中心分子建一个group，以中心分子头基附近的水建一个group，用这两个group计算SDF；另一种是以所有表活剂作为中心分子建一个group，以体系中所有水建一个group，用这两个group计算SDF。最后结果都差不多。

最终选中心分子为COO, SDF的原子为体系中所有的水

使中心分子在盒子内居中, 同时所有其他分子处于盒子内

Select group for centering时选择中心分子组, Select group for output时选择System组

按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动

Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组

统计分布

Select group to generate SDF时选择要统计SDF的组, Select group to output coords (e.g. solute)时选择中心分子组