跑步后膝盖疼痛主要是由于髌骨软化症，或者由于膝骨关节炎造成，少数情况下是由于半月板的损伤造成。具体处理方法如下：

1、注意在跑步时应避免超出身体负荷，不要长距离跑步，也不要在寒冷的环境下跑步，可以避免膝关节受凉，也能保护关节软骨；

2、一定要根据自身情况选择合适的运动量，每天进行热敷理疗，促进局部的血液循环，从而降低炎症因子，减轻膝关节的疼痛。每天用热水袋热敷15分钟左右，有利于性关节疼痛的缓解，避免肿胀；

3、多做免负重的功能训练，或进行肢体抬高训练，或是进行空中自行车，或者是骑车、游泳等，都有助于提高膝关节周围肌肉韧带的强度，从更好的保护关节；

4、如果疼痛比较明显，可以适当口服氨基葡萄糖，或者非甾体类抗炎药物，如布洛芬、双氯芬酸钠、洛索洛芬钠等。根据自身的胃肠道功能，选择一种药物口服。

通过多种方法，才能使膝关节的疼痛逐渐缓解，降低自身的体重，注意保暖，才能使关节软骨得到保护，使膝关节功更长久的使用。