第一幕：

故事背景設定在古老時代的埃及。

塔米諾(Tamino)王子誤入夜后的領域， 被大蟒蛇所困而暈了過去，三位夜后的侍女及時趕來搭救;王子醒來時恰巧看到 捕鳥人帕帕基諾(Papageno)，以為是捕鳥人救了他，三位夜后的侍女立即出現告訴王子實情，並且告訴王子夜后的女兒帕米娜(Pamina)遭大祭司薩拉斯托 (Sarastro)綁架，同時拿出帕米娜公主的畫像給王子看，如果王子願意前往解救帕米娜公主，夜后便會把帕米娜公主許配給他。

王子一看到畫像中美麗的帕米娜公主，愛上了她，便一口答應，因而三位侍女把「銀鈴」和「魔笛」分別交給帕帕基諾和塔米諾，告訴他們危及時這兩樣寶物可以保護他們。帕帕基諾和塔米諾分別展開行動搭救帕米娜公主。

帕帕基諾發現帕米娜公主，此時公主正受到一名摩爾人──摩諾史塔托斯 (Monostatos)騷擾。

帕帕基諾嚇走摩爾人，並告訴帕米娜，他是來救她出去的， 且有一位王子己深深地愛上她。

帕米娜和帕帕基諾都深信愛情是生命中的重要之物，男女雙方一起為神聖的愛而奮鬥是世上最高尚的事情。

在帕帕基諾遇到公主的同時，塔米諾遇見三名童子，引他至一樹叢中，前方有三座廟，分別為「智慧」、 「理性」與「自然」。

一位上了年紀的僧侶請塔米諾相信薩拉斯托為好人，夜后才是壞人。

廟中也傳來「帕米娜仍活著」的聲音。塔米諾興奮地拿出魔笛吹奏， 許許多多的動物聞樂而來，但獨不見帕米娜。

塔米諾雖然偶爾聽見帕帕基諾的笛聲，但也找不著他。帕帕基諾此時企圖帶帕米娜逃離，但遇到摩諾史塔托斯半途攔截;帕帕基諾想起他有銀鈴，樂聲迷亂了摩諾史塔米托斯和他的同伴，每個都跳起舞來並遠離了此地。

但是薩拉斯托在此時出現，帕米娜向他表白她要離去， 然而薩拉斯托原諒了她卻不放她走。此時摩諾史塔托斯抓到塔米諾，將他帶進來，塔米諾和帕米娜一見鐘情，薩拉斯托將他們分開，告訴塔米諾他和帕帕基諾必須接受一連串的磨煉試驗，才能帶走帕米娜。