灵敏而准确地定量基因表达，识别编码转录组中已知的和新的亚型，检测基因融合，测量等位基因特异性表达。

分析一组目标基因的表达。可以通过富集或基于扩增子的方法实现靶向RNA测序。

使用深度RNA-Seq检测一个细胞在其周围环境中的信号和行为。该方法有利于生物学家研究分化、增殖、肿瘤发生等过程。

对核糖体保护的mRNA片段进行深度测序，获得特定时间细胞中活性核糖体的完整视图，并预测蛋白丰度。

准确检测基因和转录本丰度，并能检测编码RNA和多种形式的非编码RNA中已知的和新的特征。

分离并测序小RNA，例如microRNA，了解非编码RNA在基因沉默和转录后基因表达调控中的作用。

利用转录组编码区域的序列特异性捕获，实现经济有效的RNA外显子分析。非常适合低质量样本或有限的起始材料。