目前尚无研究发现医用磁共振对身体会产生明确伤害，＞7T的高磁场目前还没有应用于医疗领域。磁共振对人体的影响主要来源于体内金属异物，如心脏起搏器、动脉瘤夹子，这些是磁共振的绝对禁忌证。磁共振相当于一个巨大的磁体，如果金属装置受到磁场吸引发生移动，后果难以想象。因此，核磁共振检查时，一定要取出活动的金属假牙以及随身携带的其他金属物品。

体内有一些不能去除的金属，如金属支架、弹片等，为磁共振检查的相对禁忌证。如果一定要检查，需注意严密观察，以防止检查中这些物质移动对旁边组织、血管产生影响，以免产生严重后果。

此外，不可将轮椅推进磁共振检查室，否则轮椅可能被吸到磁共振机器上。磁共振机子运行中可能产生噪音，可给检查者戴耳塞来防止磁共振噪声的影响。磁共振检查中会产生一定热量，发热患者或儿童可能会出汗。磁共振造影剂的反应一般比较轻，且为一过性，经过临床处理即可缓解。对于孕妇以及有幽闭恐惧症的患者，不建议进行磁共振检查。