高性能计算之gaussian篇 |
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转载请注明出处:http://writeblog.csdn.net/PostEdit.aspx?entryId=5388798 1.gaussian 09的安装
mkdir -p /opt/gauss cp /software/gauss/gauss09.tar.gz /opt/gauss cd /opt/gauss tar xzvf gauss09.tar.gz chgrp hpcuser g09 cd g09/bsd ./install
vi ~/.bashrc ----------------------------------------- #for gauss2009 serialg09root=/opt/gaussGAUSS_SCRDIR=/tmpexport g09root GAUSS_SCRDIR. $g09root/g09/bsd/g09.profile -----------------------------------------
运行。
g09 input.gjf & 2.gaussian09 PBS 脚本 在用脚本提交系统时,为了使gauss 2009的模板文件简单,自己写了2个小程序,一个是包装了的g09运行程序,另一个是针对gauss修饰的qsub g09包装程序比g09主要体现了几点功能.
1.自动清理文件,gauss程序启动前,自动识别已经废弃的gauss临时目录并清理 2.支持一个用户同时在一个结点上同时运行多个gauss作业 3.gauss输入文件进行简单的检查和判断
qsub修饰程序,主要是对用户gauss输入文件进行检查判断和加入一些限制策略。
g09run (使用方法 g09run inputfile)
qsub (使用方法 qsub gauss.job)
3.gaussian 09作业批量提交脚本 提交 input-file-dir中的所有gjf文件。(一个作业可能包含多个输入文件)
input-file-path所有需要提交的作业放入改文件夹,支持文件夹嵌套 number-inputs-per-job表示每个作业放几个输入文件。 chkfile-path表示重新设置这些输入文件中指定的chk文件位置 template-filename表示提交所参照的模板 本脚本采用这样的模板: #!/bin/sh#PBS -N gauss_template#PBS -j oe#PBS -o gauss.out#PBS -l nodes=1:ppn=7#PBS -V#######################################......you only need to modify the filename of these line.......##............or add lines similar as these...................................#time g09run $HOME/inputs/test100.gjf#######################################exit 0
使用方法 usage 1:sub input-file-name -------------sub one gauss jobusage 2:sub input-file-path number-inputs-per-job chkfile-path template-filename --------sub more gauss jobs 脚本下载 4.gaussian 09输出文件检查判断脚本
检查inputdir中所有的.log文件是否是gaussian程序正常退出的情况。 列出所有未正常结束的文件。
使用方法 usage:checklog inputdir 脚本下载 5.gaussian 03 并行脚本 环境设置
#!/bin/csh#for gauss2003 serial and parallelg03root=/opt/gaussGAUSS_SCRDIR=/tmpexport g03root GAUSS_SCRDIR. $g03root/g03/bsd/g03.profile
pbs模板设置 #!/bin/sh#PBS -N gauss03_template#PBS -j oe#PBS -o gauss03.out#PBS -l nodes=node1+node2#PBS -Vtime g03run $HOME/inputs/test100.gjf
g03run 脚本下载
关键地方:
1./opt/gauss/g03/linda7.1/common/lib/tsnet.config
该文件中Tsnet.Node.lindarsharg: rsh修改为Tsnet.Node.lindarsharg: ssh 如果不行,在用户目录创建.tsnet.config文件,写入Tsnet.Node.lindarsharg: ssh
2.GAUSS_LFLAGS变量设置
GAUSS_LFLAGS='-vv -nodelist "b14 b15 b16 b17 b18 b19 b20 b21 b22 b23 b24"' 或者 GAUSS_LFLAGS='-vv -nodefile "/tmp/gauss.nodefile"' /tmp/gauss.nodefile的格式和pbs的 mpi的节点文件相同。
3.gauss03输入文件设置
%NprocLinda=2 //需要几个节点 %Nprocshared=2 //每个节点需要几个核心 在g03run pbs脚本中,如果设置了并行,此配置被pbs配置覆盖
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