一些基操

1）ls 命令：列出来当前目录下的所有文件和文件夹

2） cd： 进入文件夹所在的目录

3） pwd：显示当前所在的绝对目录

4） cat 后面加上文件名，就可以在输出里面查看该文件的内容：cat 和文件名之间有空格， 可以是一个，也可以是N个（上一篇我们也提到使用cat命令来生成VASP的POTCAR）

5） 对于一个大文件来说，里面有很多行， 用cat就不方便查看了， 我们可以用grep这个命令提取出来所需要的信息

TIT就是POTCAR中的一个固定的字符，通过提取这个字符，获取我们需要的结果，这里我们知道了 POTCAR中含有O元素

例子2：通过使用：grep ENMAX POTCAR 可以获取POTCAR中O元素的截断能是400 eV

grep 后面提取的字符，最好在文件中是唯一存在的或者只出现几次，否则我们不容易得到期望的结果。大家可以运行下面这两个命令，感受下结果 

6） 查看文件的命令还有 more，例如下面的操作：

 7) 或less，运行less 命令后，会显示文件内容

如果要退出敲一下 q 键即可

如果想编辑文件，再敲一下键盘上的v键，则可以直接进入vim 的编辑界面。退出时和vim的退出方法是一样的

进阶

先来看一段代码：

1、mkdir是创建文件夹的一个命令，后面紧跟着你要创建的文件夹的名字。mkdir的使用，有很多窍门，可以百度关键词查找：mkdir 窍门、小诀窍 等等

2、cp这个命令适用于文件以及文件夹的复制

3、mv是转移、重命名文件（夹）的一个命令

4、for循环的使用

1） {2..9} 是为了获取从2到9的所有数字，有以下几点需要注意：

for i in {2..9} 和 for i in 2 3 4 5 6 7 8 9 效果是一样的

用的是花括号

2和9中间有两个点 ..

两个点之间没有空格， 2、9 与两个点之间也没有空格

2）大家还可以练习下面这几个命令来看一下效果：echo是打印输出的命令

 3）for i in {2..9} : 翻译过来就是:对于从2到9的任意数字 i，i在这里是一个变量；我们给 i 赋值，值的范围是 从2到9；两点需要注意：

i 只是个人喜好而已， 你也可以用 for a in XXX ；for b in XXX

in 后面是一个 集合，怎么选取这个集合决定了for循环的威力

4） for i in XXX 这个句字后面跟着一个分号，如果没有会出错。分号前后可以有空格，也可以没有，为了让自己写的东西更加直观，建议加上空格

5） do 翻译过来就是：我们要实现什么任务、目的；do 后面跟一个空格，或几个空格

6） cp 0.01 0.0$i -r

cp 0.01 把 0.01 这个文件夹复制成 0.0$i 文件夹

$i 被替换成for后面变量 i 的值

7） 复制完成后，后面跟着一个分号

8） done 完成任务

那如何利用for循环把INCAR中的SIGMA参数值 SIGMA = 0.01 改成与文件夹对应的数值呢？

5、sed命令

前面我们提到，可以使用vim打开INCAR然后修改SIGMA的参数。除了vim当然还有文本编辑器等其他的工具，但这些工具都有个缺点，就是得把文件打开后才能修改。使用sed命令，不打开文本，直接对里面的内容进行替换操作。

1) 单引号中是我们的操作，3s 表示的是选择第三行，因为我们知道 0.01 在第三行中出现，s 是substitute的缩写 2) 3s 后面跟一个斜杠/用来和后面被替换的内容分开，这里0.01 表示选择第三行的0.01

3) 0.01后面再用一个斜杠，将其和替换后的数字分开(0.01 0.02 0.03 等)，表示将0.01替换为斜杠后面的内容

4) 再加一个斜杠，后面的g 代表 global ，意思是全部替换

5) 输入完毕后，我们选择要执行该命令的对象(要替换的文件)，也就是当前目录下INCAR 文件

6) 命令的意思就是：我们用sed命令，将INCAR中的第三行的0.01全部替换成0.02

从上面实例中最后的cat INCAR命令结果不难发现，实际上我们并没有将INCAR文件中的0.01替换成0.02。也就是说这个命令只是输出了替换后的结果，但没有更新INCAR文件。那怎么样才可以更新INCAR文件呢？ 我们可以这样做：

注：箭头（>）的意思是我们将命令的输出存到一个新的文件INCAR_new中，再通过mv命令之前的INCAR替换掉

但这样做也太麻烦了，更简单一点，如下：前面例子的INCAR中SIGMA的值已经不是0.01了，我们先从ex02/0.01中复制一个过来

sed –i 是sed 的命令和其附加选项， -i 表示直接对源文件进行编辑，也就是说编辑之后源文件被新文件替换掉。因此，使用这个参数的时候要小心，小心，再小心。要格外小心！！！

sed 是一个非常强大的命令，对于做计算的我们来说，熟练正确地使用sed可以极大的提高我们的工作效率。这个网站列举了一些基本的用法：

http://man.linuxde.net/sed

大家参照着进行练习，也可以百度里面搜索一些其他的 sed 使用技巧

通过sed单个命令进行批量操作：

sed + for循环的批量操作：

但我们的目标是，每个文件夹中的SIGMA值与文件夹相同，既然我们知道了sed可以对单个文件进行操作，那么我们也可以结合for循环，来实现一个批量操作的目的。命令如下：

注意： 

这里单引号中的内容被原封不动地打印出来了；而双引号可以顺利地把变量调用起来

进一步升级sed命令结合for循环。我们借对KPOINTS文件的操作，一方面学习几个小窍门，另一方面回顾上一节的学习内容以及KPOINTS文件。

前面我们学习到，KPOINTS文件只有简单的几行，如下：

注意：

第三行的gamma代表的是gamma centered的意思

除了使用gamma点，我们还可以使用其他的数值，比如2 2 2，3 3 3， 1 2 3 等，数值越大，计算量也就越大，具体的要根据你自己的体系以及组里的计算能力来确定

对于气体分子或者原子的计算来说，也就是把它们放到一个格子的体系，使用gamma点就足够了

本节，我们主要对KPOINTS的文件的第四行进行批量操作，将1 1 1改成 2 2 2、3 3 3 等。首先浏览下面的命令：

第三行：我们使用了 mkdir ex03 && cd ex03 这个命令。 && 的作用是将两个命令连起来运行，如果&&前面的命令运行成功，则继续后面的命令。这里我们先运行了mkdir ex03的命令，然后通过cd进入新建的ex03这个文件夹目录下。但如果前面的命令运行不成功，我们还想运行第二个命令，那么可以用 ||这个将两个命令联系起来。百度自己搜索：&& 和 ||的使用，多多练习，可以提高你敲命令的工作效率

我们使用for循环，将ex03中的0.01文件夹复制成111， 222， 333等。这里我们在调用for 循环中的变量i的时候，使用的是。为什么要加花括号呢？这是为了避免i和后面的连在一起，从而导致调用失败

后面的命令中，得到了这样的错误：sed: can’t read 1/KPOINTS: No such file or directory。原因是我们的问价夹中有3个数字，我们需要调用三次，但写i三次，但写i/KPOINTS就会引用一次，导致sed的命令对象不正确

我们没有成功将 1 1 1改成文件夹对应的数字，那该怎么做呢？

这个时候，花括号有或者没有，对命令行影响不大

sed 操作的难点在于区别是调用的参数还是要被替换的字符上。例子中我们用一个反斜杠将i是调用的参数还是要被替换的字符上。例子中我们用一个反斜杠将i转义成字符，进而避免将其按照变量来处理。说白了，就是让$ 这个符号变成一个纯文字符号，而不再发挥调用变量的作用。这一部分的知识，大家自行百度搜索：Linux 转义符进行学习

再举个栗子：如果被替换的内容中含有 / , 直接输入则会被认为是分隔符,因此我们需要将其作为分隔符的作用去掉。怎么做呢? 输入\/ (一个反斜杠加单斜杠,中间没有空格),这样的话 / 就会被当成字符来处理了

在本节的操作中，我们可以学到很多知识，私以为对于一个新手来说，这一节的内容难度有些大，需要认真操作，思考，查阅相关的资料。简单总结一下，本节需要掌握的内容有：

&&，|| 和 | 的用法

${i} 中什么时候用花括号，什么时候不用

sed 中的单引号，双引号的区别;

转义符在字符处理中的作用。

如何避免命令出错，以及出错后改怎么改正。

前面的四点都是死死的基本Linux操作，而最后一点则是考验大家智商的时候。做计算，肯定避免不了会敲错命令，犯各种各样的错误。在避免出错方面，我们要认真掌握命令操作的关键点以及总结前面错误的经验；在错误的改正方面，我们要多多动脑子，及时想办法补救。众多补救的办法中，提前将操作的对象进行备份是最为有效的。比如，在前面例子中，由于在ex03中有备份的文件，即使在ex04目录犯错后，我们大不了全部删除，重新再来一遍。所以，在大家没有进行计算前，先提个醒：一定要时刻牢记备份自己的文件。

最终章

前面我们对INCAR，KPOINTS进行了批量操作，这一节，我们介绍对输入文件进行批量操作的最后一部分：POSCAR。前面我们将O原子放到了一个8×8×8 \AA3 的格子里。现在我们要创建不同大小的正方形格子，每个格子边长分别为8、10、12、14、16\AA。重复下面的操作，完成POSCAR的批量练习，并思考这些命令是怎么工作的。

seq 命令用来打印一系列的数字， 在这个例子中 seq 8 2 16 获取8到16之间的数字，间隔为2; 其中， 8 2 16 三个数字间需要用空格分开；看到这里你会想到之前我们使用的花括号 {}，如果间隔是1的话， {1..9} 和 seq 1 1 9 以及 seq 1 9 是一样的; seq 1 9 中省略的是 seq 1 1 9 中间的 1， 因为它是默认值。但是这里我们数字的间隔是2，使用花括号则不能实现我们的目的

for 循环的精髓: for i in $(seq 8 2 16);

提醒1)：for循环这部分结束后，要跟一个是分号，不是冒号

提醒2): $ 和 后面的括号之间没有空格

大家可以主动把分号改成冒号或者在$后面加个空格，看看会出什么错

在这里，调用seq 8 2 16这个命令的输出，我们用到了这个组合。它的作用是调用一个命令或者函数的输出，进而转化为循环的对象集合。()这个组合它的作用是：调用一个命令或者函数的输出，进而转化为for循环的对象集合 for i in(seq 8 2 6) = for i in 8 10 12 14 16 

此外，你还会见到一些人使用 ` ` 这个符号(反单引号); `seq 8 2 16` 的效果等于(seq8 2 16)。所以当你见到`不要害怕，因为你知道里面是在调用一个命令或者函数，和(seq8 2 16) 效果是一样的。Linux下面有很多奇奇怪怪的字符，当你知道他们的意思时就见怪不怪了

sed 命令，这里我们使用了 sed -i  “3,5s/8/$i/g”

3,5s 的意思是：选择第三行到第五行中所有的8；然后将它们替换成$i；

为什么说这是 for 循环的精髓呢?

从for循环的语法上看，有两个主要部分：

1）第一个是选取对象，也就是for i in XXX 语句中的 XXX 部分

2）另一个是去执行的动作， do YYY 

对于do YYY 我们根据自己的要求或者要现实的目的，把命令填到YYY这一块就可以了。但是对于前面的集合选取，这就需要脑洞大开了。最简单的是根据自己的任务要求选取合适的范围直接输入，比如 for i in 1 2 3 4 5 

再复杂些，我们使用一个函数，命令或者更高级的命令操作来得到所需范围，如本例中 for i in $(seq 8 2 16)。这个随着计算的进行，你的体会也就越来越深刻

当我们准备计算输入文件，查看计算亦或者整理计算结果时，首先要对这些文件或者文件夹进行选择，即把需要处理的对象放在一起。为了保证for循环变量范围的高效选择，养成一个良好的计算习惯非常重要：那就是保持计算在不同目录下的一致性；也就是目录要规范，文件系统有序而整齐，根据不同的计算等级或者类型进行创建。如果文件夹一个套一个，随意创建，毫无规则可言，那么在用for循环的时候，工作效率就会大大地打折扣。

在这里教给大家另外一个linux 命令：tree 来查看当前目录下的文件夹级别信息，用以给for循环提供合适的变量 (tree 和 tree -d， 尝试下有什么不同)

可见tree -d只能查看该目录下所有文件夹数目及关系，tree还展示了具体文件的情况