转录组DEGs聚类热图和功能富集分析

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转录组DEGs聚类热图和功能富集分析

2023-07-27 12:05| 来源: 网络整理| 查看: 265

写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选择，能直观比较各种处理带来的影响，如下：

image.png 来自Nature plants的一篇文章 Ref: https://github.com/YulongNiu/MPIPZ_microbe-host_homeostasis https://www.nature.com/articles/s41477-021-00920-2 这个图很牛逼啊，表示的信息量很全，值得学习。去扒作者的代码，复现出了大部分

所需文件：总的基因丰度表，即各个基因在每个样品中的丰度

image.png

各个样品的基因差异表达情况举一个例子，这是Deseq2算出来的：

image.png 1. 导入数据并做一些处理 setwd("C:/Users/yjk/Desktop/cluster_DEGs") library("dplyr") library("ComplexHeatmap") library("tibble") library("RColorBrewer") library("ggplot2") my_theme() all_genes 1, padj < 0.05 HF12N_Rs % write.table('kmeans10_KEGG.txt', quote = FALSE, sep = "\t")

列一个例子，GO富集的生物学过程

image.png

到此结束

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