黏菌物种多样性及其与影响因子关系的研究进展

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黏菌物种多样性及其与影响因子关系的研究进展

2024-06-19 10:07| 来源: 网络整理| 查看: 265

Thom & Raper(1930)在琼脂平板上培养土壤稀释液,获得黏菌原生质团,其中钙皮菌属Didymium丰度最高。20世纪80年代一系列的研究表明,黏菌几乎在所有类型的土壤中都丰富且广泛的存在(Madelin 1990),尤其是农田和草原土壤,黏菌丰度比森林土壤高(Feest & Madelin 1988)。在土壤分布黏菌的研究早期,都是以原生质团形成单位(plasmodium forming units,PFUS)计数土壤黏菌丰度,但是因为原生质团可以融合,并且大多数物种不能通过培养进行分离,所以这种方法会对易培养物种产生偏好,从而低估土壤中黏菌的真实丰度(Stephenson 2011)。分子生物学技术在黏菌生态学领域的应用证明土壤中黏变形体含量相当丰富,占土壤变形虫的5%-50%,也揭示了土壤中实际的黏菌多样性要比基于子实体的研究所显示的大得多(Geisen et al. 2015)。这一观点进一步得到Dahl et al.(2018)的研究结果支持,通过将采集得到的高山雪线黏菌子实体与土壤进行DNA提取,然后建立最大似然系统发育树,发现地面黏菌子实体种类能够在一定程度上反映土壤中黏变形体的种类,但是土壤OTU所显示的黏菌物种数更多。该研究还表明地面子实体的分布与土壤中的黏变形体的分布存在一定的海拔差异,如双皮菌属Diderma、亮皮菌属Lamproderma和裂瓣菌属Barbeyella中的一些物种,被采集子实体的海拔比土壤黏变形体高100m左右。Kamono et al.(2009)利用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)成功检测到日本北海道地表1-2cm土壤中的钙皮菌科和绒泡菌科。Hoppe & Schnittler(2015)通过末端限制片段长度多态性(TRFLP)分子技术,利用暗孢子黏菌通用引物扩增18S rRNA基因,用限制性内切酶HhaI酶切得到片段多态性,建立数据库用于黏菌物种鉴定和样地土壤基因组DNA对比。Fiore-Donno et al.(2016)对德国3个地区150份草原土壤进行SSU rRNA测序,发现草原土壤中含量最丰富的是亮皮菌属Lamproderma和钙皮菌属Didymium。可见,分子技术的发展给黏菌带来了新的研究契机,特别是土壤中黏变形体的研究更是近年热点。



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