浙江大学基因组科学（第62期）研习班通知

总期数：62期 开班时间：2023年7月22日-28日（22日全天报到，23日起授课） 上课地点：浙江大学紫金港校区

随着众多生物基因组测序项目的完成，生物学数据正在加速度增长。如何科学地分析和注释这些高通量数据，已成为生物学工作者急需学习和解决的问题。 浙江大学“基因组科学研习班”项目创始于2002年10月，由DNA双螺旋结构的发现者詹姆斯 • 杜威 • 沃森教授与浙江大学沃森研究院首任院长杨焕明教授共同创办，本期研习班邀请著名基因组学专家于军教授、中科院微生物所胡松年教授为您讲授基因组学基础知识和前沿进展、二代测序等实验技术的关键事项；浙江大学陈铭教授、周青研究员、俞晓敏研究员、张亮生教授、徐建红教授、杨军教授等多位基因组领域大咖专家为你在高通量分析研究方法和思路方面答疑解惑。

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本研习班四次荣获“浙江大学优秀项目创新奖”，一次入选“浙江大学国家级专业技术人员继续教育基地重点扶持项目”，已累计举办61期，学员遍布全国，累计培训学员6000余名。每期均不乏教授、博导参加培训，更受到博士后、硕博生等年轻学者的青睐。他们中有一些带着课题或技术问题前来交流和联系，不少学员通过本研习班建立了长期协作关系，共同申请国家重大研究计划项目、国家自然科学基金等，共同发表论文，其中不少优秀的研究成果，已在SCI期刊上发表。

上课内容涵盖“基因组学—蛋白质组学—系统生物学”的研究方法、技术思路、前沿进展及其在各生物学科中的应用。

核心课程包括： 1. 基因组的比较研究、DNA测序技术原理与进展 2. 转录组的测定与分析、大规模测序方法及应用、微生物基因组 3. 系统生物学导论及高通量分析技术应用 4. 系统生物学建模分析 5. 遗传学在疑难未诊断疾病中的应用 6. 动植物基因组进化 7. 比较基因组学应用 8. 基因组学在医学中的应用

本研习班上机实习课采用 “跟我学”方式，学习实践各类基础生物信息学软件，每人一台PC机跟着大屏幕一步步学会基因组、蛋白质组学数据分析的基本方法。

主要内容如下：

实习一： 基因组数据注释和功能分析 通过序列比对工具BLAST的学习，了解基因功能注释的原理；介绍多序列联配工具ClustalX及分子进化分析软件MEGA4，掌握系统发生树绘制的基本方法，认识基因复制在进化上的功能；学习基因序列分析常用的数据库和软件。

实习二： 转录组数据分析 介绍转录组数据分析的基本流程及其原理；通过对tophat、cufflinks、R等转录组数据分析工具的介绍及演示，了解基于二代测序数据的转录组分析流程及常用分析方法； 利用kegg、GOstat、DAVID等在线工具挖掘转录组数据的生物学意义。

实习三：蛋白质结构与功能分析 从数据库搜索感兴趣的蛋白质氨基酸序列开始，接着对蛋白质基本理化性质、二级结构、和三维空间结构和序列模体进行分析，预测目标蛋白的生物功能。

实习四：蛋白质组学数据分析 使用X！Tandem、Mascot、Sequest等软件鉴定蛋白质质谱数据，将质谱结果匹配到蛋白质组数据库鉴定蛋白；使用TPP软件包进行统计学分析和优化检索结果练习。

实习五：系统生物学软件实习-----网络结构显示与分析 利用Cytoscape系统生物学分析软件，分析蛋白－蛋白相互作用，展示分子网络系统，并与基因表达等数据整合。

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于军 研究员 中国基因组学研究奠基人之一 华大基因研究中心（中国科学院北京基因组研究所）的主要创始人之一 曾担任国家科技部重大科学计划转录组研究首席科学家。多年来致力于基因组学、生物信息学研究、推动测序技术发展。1997年任职于美国华盛顿大学人类基因组研究中心，是早期参与人类基因组计划的唯一华人科学家；1998年回国推动了中国科学家参与人类基因组计划。除了主持 “人类基因组计划北京部分”，又先后主持了“中国杂交水稻基因组计划”、“家蚕基因组计划”、“鸡基因组多态性研究计划”、“中-沙椰枣基因组计划”等多项大型基因组研究计划。先后获得2002年中国科学院“百人计划”(海外杰出人才)、2002年度香港求是科技基金会“求是杰出科技成就奖”、2002年《科学美国人》杂志评首届“年度全球科研领袖”、2003年度“中国科学院杰出科技成就奖”，2012年度“发展中国家科学院农业奖”。目前担任Genes分子遗传学和基因组学专栏 (Section: 'Molecular Genetics and Genomics') 的客座编辑。

胡松年 研究员 中国科学院微生物研究所研究员 曾担任中国科学院遗传与发育研究所人类基因组中心总工程师，并作为主要负责人参与和完成了国际人类基因组计划（Human Genome Project）中国卷测序项目。开发基于单细菌水平的宏基因组检测技术与新型建库技术，为宏基因组研究提供精准采样与检测的实验基础；开发对于整体代谢调控网络、微生物群落进化与疾病表型关系的分析工具，为精准医学的应用提供分析手段。围绕微生物组学研究与动、植物、人体多组学数据，构建全息组学研究平台，对不同样本提供前期收集、实验流程的质控方法，进而能够对长期样本进行横/纵向比较。对微生物重要基因及功能元件进行鉴定与挖掘，分析微生物基因组元件的进化与传递机制特征，预测新功能元件，为合成生物学、微生物组、基因组编辑等提供基础数据。

杨军 教授 中教育部新世纪优秀人才支持计划入选者 浙江省“151”人才第二层次入选者、 主要研究通过分子生物学、系统生物学技术研究化学损伤，尤其是DNA损伤应激的分子机制。已发表研究论文150余篇，其中SCI论文100余篇。主持国家重点基础研究计划（973）子课题1项、国家高技术研究发展规划项目（863）1项、科技部国际科技合作专项1项、国家自然科学基金7项及其他省部级项目多项。担任国际环境诱变剂学会（IAEMSG）、亚洲环境诱变剂学会（AAEMS）理事，中国环境诱变剂学会副秘书长、常务理事，致突变专委会主任委员，外事工作委员会主任委员，浙江省毒理学会副理事长。

陈铭 教授 浙江大学生物信息学学科带头人 担任浙江省生物信息学学会理事长 长期从事生物信息学与系统生物学方面的科教工作，致力于组学大数据整合与挖掘，非编码RNA生物信息学研究、生物网络建模分析以及精准医学方面的科学研究。共发表学术论文200余篇，Google Scholar H指数43。现曾担任中国系统仿真学会生命系统建模仿真专业委员会副主任委员、中国运筹学会计算系统生物学分会理事会常务理事、中国细胞生物学学会功能基因组信息学与系统生物学分会理事、中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会委员会委员；教育部“新世纪优秀人才”，浙江省“151人才工程”第一层次。

徐建红 教授 浙江大学作物科学研究所副所长，博士生导师 浙江省作物种质资源重点实验室副主任 主要从事植物分子生物学与基因组学研究，主要的研究方向是基于大数据与基因编辑技术在基因表达的表观调控(DNA甲基化和miRNA)，种子品质性状形成的分子机理，作物转座子分子标记的开发与转座机理研究以及水稻温敏不育系的选育与育性转育机理和基因与基因组的分子进化等。主要研究内容已在PNAS、Genome Research、Molecular Biology and Evolution、PLoS Genetics、Molecular Plant、Plant Journal、Plant Biotechnology Journal等高质量期刊上发表。

张亮生 教授 浙江大学求是特聘教授 博士生导师 围绕观赏植物（花卉）种质资源挖掘和利用、基因组学和功能基因挖掘等方向，开展王莲等睡莲、杜鹃花、月季、百合、鸢尾等我国具资源优势的花卉的基因组学和生物信息学等研究，重点聚焦花卉主要性状形成的关键基因挖掘和利用，如花发育和花色花香等性状，长远目标是开展花卉分子遗传育种以培育花卉新品种。2016年以来，以通讯或第一作者（包括共同）在Nature、Plant Biotechnology Journal、Plant Journal、Molecular Plant等国际著名期刊发表论文近30篇。领导团队在国际上首次解析了睡莲基因组，该重大研究成果于《自然》（Nature）上发表，揭示了早期开花植物的起源和进化特征，发现了蓝色花瓣和花香关键合成基因。

周青 教授 浙江大学生命科学研究院研究员 博士生导师 美国临床分子遗传学执业主任医师 美国医学遗传学与基因组学学院专家委员 长期专注自身炎症性疾病的研究，发现CRIA, DADA2, HA20, Otulipenia，APLAID等新自身炎症性疾病；研究发现RIPK1，ADA2，TNFAIP3，OTULIN，C1R，PLCG2等自身炎症性疾病的新致病基因以及NLRP3和NLRC4体细胞突变;深入研究自身炎症性疾病致病机制，首次报道细胞死亡和泛素化缺陷可导致自身炎症性疾病。通过致病机制的研究推动对病人的靶向治疗，成功治疗5种自身炎症性疾病。发表文章52篇，总影响因子1375多分，通讯或第一作者文章发表在Nature，NEJM，Nature Genetics，Annals of the Rheumatic Diseases, Science Advances，JACI, PNAS, AJHG, Arthritis &Rheumatology等期刊。

俞晓敏 研究员 浙江大学“百人计划”研究员 博士生导师 浙江大学医学院医学中心/浙江大学医学院附属第一医院双聘研究员 利用全基因组和全外显子深度测序，自主开发人类基因组分析算法，发现了导致反复发烧、淋巴结肿大的新致病基因RIPK1; 导致严重过敏，血清IgE水平增高，免疫缺陷，自身免疫，以及神经认知功能损害的新致病基因PGM3; 导致Otulipenia疾病的新致病基因OTULIN; 导致过敏性肠综合征，皮肤过敏，结缔组织异常，自主神经功能异常的新致病基因TPSAB1; 导致白塞氏病的新致病基因TNFAIP3; 导致遗传性过敏症的新致病基因ERBIN。多项研究成果为首次报道的新致病基因，并深入研究致病机理和机制，拓展了遗传性过敏、自身炎症和自身免疫疾病的遗传学基础，为临床诊断，临床治疗提供了理论基础。在国际知名学术期刊发表论文29篇, 总影响因子超过200分，Google Scholar引用2000多次，代表性文章发表在Nature, Science Advances, Proceedings of the national academy of sciences (PNAS), Journal of Allergy and Clinical Immunology , Nature genetics等学术期刊。

1.无生物信息学背景，希望了解生物信息学的学员； 2.计划开展各类组学研究的科研人员； 3.已有组学数据需了解分析方法的研究人员； 4.有志从事生物信息学相关工作的学生或者技术人员。

若有参加意向，请填写报名回执，我们会回函并在浙江大学继续教育系统录入，待排定课表后发给您详细课程表。待您再次确认后，发给您报到通知并排定上机号。

因本课程天数较多，报名学员因故缺席部分课程，可联系会务组在后续培训班中免费旁听。

浙江大学第4期单细胞组学研习班 （杭州7月26日-30日）

单细胞组学呈现出井喷式的高速发展,转录组学数据泛滥的时代，如何才能找到数据中的亮点？如何深度挖掘数据中隐藏的创新点，让科研工作者掌握几种深度解析组学数据的方法？当下如何科学地分析和利用海量的单细胞RNA测序数据，已成为生物学和医学界科研人员急需学习和解决的问题。 为进一步帮助广大科研工作者快速掌握以单细胞组学的技术内容，浙江大学历经 19 年的“基因组科学研习班”品牌项目原班人马联合浙江大学多位科研一线领军人才及国内单细胞组学领域知名专家生物倾情推出“单细胞组学专题学习班”，通过理论授课与实验操作相结合的方式，由专业技术老师现场指导，帮助学员系统学习单细胞组学从原理、应用到实操的各个环节，为后续应用单细胞组学技术开展各类研究打下坚实基础。

培训内容：单细胞测序技术发展与趋势；单细胞联合空间转录组技术在疾病中的应用；单细胞测序生命科学领域的应用；单细胞数据的分析与解读 ；R语言数据分析与绘图；Cytoscape网络可视化分析；单细胞转录组数据分析实例；单细胞转录组与空间转录组整合分析 。

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胡松年 研究员 博士生导师，国际人类基因组计划中国部分总工程师，享受国务院政府津贴 课题组所构建的四个物种基因组以及注释信息作为NCBI参考序列，被国际相关研究广泛采用。带领课题组完成水稻基因组精细图，登上 Science 封面。主持和参加国家重点研发计划、中国科学院先导专项、科技部“973“和“863”计划等多项科学研究，共发表SCI文章311篇，总引用量达到26410次。主编《基因组数据分析手册》和《转录组学与精准医学》等专著。

钱俊斌 研究员 博士生导师，浙江大学医学院附属妇产科医院“百人计划”研究员 长期从事肿瘤微环境、癌细胞分裂与癌症发生机制的基础及临床转化研究。近年来主导和参与了多项通过高通量单细胞转录组、空间组测序等先进手段来研究肿瘤微环境的工作，深入研究了包括卵巢癌、乳腺癌、肺癌、结直肠癌等的免疫微环境和各类间质细胞作为抗肿瘤靶点的可行性。发表SCI论文19篇，其中14篇发表在一区top期刊（中科院分区), 代表作包括通讯作者5篇（含共通讯）：Nature Medicine , Cell Research, Molecular Cell , BioEssays, Molecular Biology of the Cell；其中三篇论文获F1000推荐，一篇封面推荐，一篇获Nature Reviews Immunology点评。

盛欣 研究员 博士生导师，浙江大学“百人计划”研究员 主要围绕复杂疾病的多维组学整合分析、功能基因组学，以及相关数据库和算法开发，未来愿积极学习更多领域的新知识。近五年来，盛欣博士以第一作者与共同第一作者身份在Nature Genetics, Science Translational Medicine, PNAS, Nucleic Acids Research, Briefings in Bioinformatics等国际知名期刊发表多篇论文；并以合作者身份在Nature Genetics, Cell Metabolism, J Clin Invest等国际知名期刊共发表论文20余篇。

叶昉 博士 郭国骥教授团队直博生，主要研究方向为单细胞组学新技术的建立。团队一直致力于单细胞分析技术的开发与应用，并在细胞图谱的绘制上有突出贡献，团队自主研发了Microwell-seq高通量单细胞分析平台，并于2018年在国际顶级期刊《细胞》上发表了世界首个小鼠细胞图谱，此外，还在Nature, Cell, Cell Stem Cell等著名期刊发表多篇学术论文。

褚琴洁 博士 主要研究方向为生物信息学和作物遗传育种，主要从事非编码RNA（以circRNA为主）等调控因子的识别和功能挖掘、利用单细胞组学测序技术探索作物发育和其他生物学问题挖掘。相关研究成果已在New Phytologist、Molecular Plant、Briefings in Bioinformatics等期刊发表。

季庆华 博士 中国科学院生物物理研究所生物化学与分子生物学专业博士，并在美国佐治亚理工学院生物医学工程系朱承董事教授实验室做访问学者，学习世界领先的单分子检测技术：单分子原位生物膜力学探针（BFP）和单分子力谱原子力显微镜技术（AFM）。回国后在博士期间，搭建了国内第一台BFP和AFM，并对相关力学传导膜蛋白进行了单分子力学研究。现任浙江普罗亭健康科技有限公司技术总监，拥有丰富的质谱流式技术应用经验，负责了上百个质谱流式相关的检测项目，科研合作对象包括国际知名药企和多家国内权威三甲医院的科研负责人。

侯睿  博士 侯睿博士毕业于中国海洋大学遗传学专业，曾参与多项国家“863”计划项目和国家自然科学基金项目，发表SCI论文10多篇。在基因组学、生物信息学领域经过10多年的专业积累，精通高二代测序和基因芯片技术的应用及数据分析，在非编码RNA的功能、单细胞测序、大数据挖掘和机器学习算法等方向有丰富的项目经验。曾带领技术团队建立了单细胞测序技术平台，血浆、FFPE等临床样本的RNA测序技术平台。在生物标志物领域，结合高通量筛选和机器学习算法，协助在JCO，The Lancet Oncology等期刊发表多篇学术论文。