2014年，福建省机械设备成套局、福建省政府采购中心、福建省建设工程交易中心、福建省矿业权交易中心等4个机构进行整合，设立福建省公共资源交易中心，为福建省发展和改革委员会所属事业单位，机构规格为相当副厅级。2015年5月，经福建省公务员局批复确认，福建省公共资源交易中心继续参照公务员法管理。

2019年，根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈福建省机构改革方案〉的通知》（厅字﹝2018﹞93号）和《中共福建省委办公厅、福建省人民政府办公厅关于印发〈福建省省级机构改革实施方案〉的通知》（闽委办发﹝2018﹞23号）, 调整有关职责,具体如下： 

    （一）依照公共资源交易有关法律、法规、规章和政策，为省级公共资源交易提供场所、设施和服务。

    （二）依法接受委托负责组织实施省级各类公共资源交易现场活动。

    （三）依法接受委托承担省级政府集中采购工作。

    （四）承担省公共资源交易电子服务系统的建设和管理。

    （五）依法收集、存储和发布省级公共资源交易信息，整理、保存交易过程中的相关资料。

    （六）负责建立省级公共资源交易信用和记录档案，为公共资源交易行业监管、行政监察提供支持和帮助。

    根据上述职责，省公共资源交易中心设6个内设机构:办公室、交易受理处、交易组织处、交易评审处、交易监督处、技术信息处，规格均为相当正处级。