复方酮康唑发用洗剂可以治疗真菌感染引起的毛囊炎，常见于马拉色菌毛囊炎。毛囊炎为发生于毛囊的化脓性感染，分为感染性和非感染性，感染性毛囊炎的病原菌主要为真菌、病毒、细菌等。好发于有毛发及易受摩擦的部位，如头面部、颈项部、臀部、外阴部等。而由于复方酮康唑发用洗剂适用于治疗和预防多种真菌引起的感染，进而可以治疗真菌感染性毛囊炎，还可治疗头皮糠疹、脂溢性皮炎和花斑癣等，但对于治疗除真菌感染引起的毛囊炎，通常没有太大效果。

在使用复方酮康唑治疗真菌感染引起的毛囊炎时，需要注意患者用药时避免接触眼睛和其他黏膜，如果用药部位有烧灼感、红肿等情况，应停药并将局部药物洗净，严重者应及时就医。对本品过敏者禁用，病毒性感染如疱疹、水痘的患者，以及小儿、孕妇及哺乳期妇女禁用。

不同病因引起的毛囊炎，治疗方式存在差异。细菌性毛囊炎患者可外涂莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、复方多粘菌素B软膏、克林霉素磷酸酯凝胶等。也可用紫外线或超短波局部照射。对于炎症浸润明显，侵犯较深的深部毛囊炎，可酌情口服抗生素或抗真菌药物。同时注意局部清洁卫生，去除一切可能诱因及加重因素，如搔抓、摩擦、挤压，或者食用辛辣刺激性食物等。