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在群体遗传学研究中，LD连锁不平衡分析是最常见的分析内容，也是关联分析的基础。在很多的遗传进化GWAS的文章中都会出现LD衰减及单体型block图，如果你还不是很了解的话，是时候补补课了哦～～

当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibrium）。

D 是 LD（连锁不平衡） 的基本单位，度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频率的偏差。虽然D能够很好的表达LD的基本含义，但是由于其严格依赖于等位基因频率（allele frequency），故不适合应用于表述实际的LD强度，尤其是进行不同研究的LD值的相互比较。几个常用于度量LD的符号中，最重要的是D'和r2，两者都是基于D，各有各的特点及用途。

LD计算方法如下： 1、设有两个位点（A、B），等位基因分别是A、a、B、b，在群体中对应频率f(A)、f(a)、f(B)和f(b)

2、两个位点共有四种单倍型AB、Ab、aB、ab，对应频率f(AB)、f(Ab)、f(aB)和f(ab)

3、计算：Dab=f(AB)-f(A)*f(B)

当Dab=0时，处于连锁平衡状态；

当Dab≠0时，处于连锁不平衡状态。

LD度量：

当Dab>0，|D'|=(Dab)2/min(f(AB), f(ab))；

当Dab