iTOL美化进化树实战:标签、枝修饰,分组着色 |
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进化树 一文读懂 Evolview基础 Evolview进阶 iTOL美化
之前讲了很多进化树的理论,但实战还是有困难。今天来一个树的实战。 http://itol.embl.de a, 基于3837个高质量基因组中31个单拷贝基因的最大似然树。最外圈展示分类组,中圈展示其来源,内圈展示植物相关的根相关基因,还可以在线iTOL查看可交互的树(https://itol.embl.de/tree/15223230182273621508772620)。 (Nature Genetics, 2018, Levy) 上图的这颗生命之树,是最近期NG的主图即使用iTOL绘制,还能生成在线链接。 使用 注册和登陆第一次使用,按此页要求注册 http://itol.embl.de/itol_account.cgi 注册完成后,以后每次直接访问登陆页 http://itol.embl.de/login.cgi 登陆成功后即进入My Trees面板 上传树并展示点击Upload tree files,上传本地fasttree、RAxML生成的树文件.tree/nwk文件,点击上传后的文件名即可预览 树展示时,图中有的枝极长,可能不是16S的外源扩增,需进一步鉴别判断是否为污染或非特异扩增去除 其实现在在图上点击鼠标,可以轻松修改线的颜色和样式、标签的颜色和背景色;甚至可以修改树根、移动树枝。 但量大时显著不够高效。 主界面的 Branch lengths 设置为 Off,可消除枝上异常的影响。 树美化下面学习批量制作模板 点击 Help —— Help pages —— Annotation trees —— example tree and annotations 下载示例数据,用于格式参考。 官网建议先看教学视频tree annotation video tutorial,但是我尝试一直无法播放。 我们使用文本编辑器,如Notepad++、Editplus、Ultraedit等打开示例文件。 批量设置标签颜色 修改颜色模板 Branch and label colors and styles colors_styles_template.txt 在下方添加如下文字,结点标签的颜色 OTU_117 label #0000ff OTU_97 label #0000ff OTU_104 label #0000ff OTU_116 label #0000ff OTU_89 label #0000ff OTU_32 label #0000ff OTU_133 label #0000ff OTU_163 label #0000ff OTU_107 label #0000ff直接拖动文件至树图上,即可显示。同时确认效果是否符合要求,可选保存,或放弃。 修改背景颜色图例:OTU5背景色,图例为变形菌门 OTU_5 range #85F29B Proteobacteria 突出显示标签:标签蓝色加粗2号字 OTU_16 label #0000ff bold 2 修改分枝颜色:红色,实线,宽度为1 OTU_22|OTU_22 clade #ff0000 normal 1 对于每个枝批量操作,可借助循环生成注释结果文件。拖至树中至可显示。 猜你喜欢 10000+: 菌群分析 宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊 肠道指挥大脑系列教程:微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组 专业技能:生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人 一文读懂:宏基因组 寄生虫益处 进化树必备技能:提问 搜索 Endnote文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical扩增子分析:图表解读 分析流程 统计绘图 16S功能预测 PICRUSt FAPROTAX Bugbase Tax4Fun在线工具:16S预测培养基 生信绘图科研经验:云笔记 云协作 公众号编程模板: Shell R Perl 生物科普: 肠道细菌 人体上的生命 生命大跃进 细胞暗战 人体奥秘 写在后面为鼓励读者交流、快速解决科研困难,我们建立了“宏基因组”专业讨论群,目前己有国内外1800+ 一线科研人员加入。参与讨论,获得专业解答,欢迎分享此文至朋友圈,并扫码加主编好友带你入群,务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助,首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路,仍末解决群内讨论,问题不私聊,帮助同行。 学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战,关注“宏基因组” 点击阅读原文,跳转最新文章目录阅读 https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA |
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