质谱可以用来测量样品中带电分子(离子)的丰度（即一个特定的质荷比 m/z的离子计数）。

但是，当许多离子具有相同或非常相似的 m/z，光凭借质谱是很难或不可能进行区分的。因此，MS 经常与其他分离技术相结合，基于除 m/z以外的其他性质来分离分析物。比如与气相色谱法(GC)或液相色谱(LC)联用。

这些使用LC/GC-MS联用产生的数据，需要经过一系列的预处理，才能得到一个定量的表格数据。

开源软件中，XCMS是LC-MS数据前处理引用率最高的软件，在GC-MS中也很常用（第2）。但是由于数据的复杂性，一般来说，XCMS的默认参数通常都不是最优参数。因此，需要根据数据情况进行手动查看数据，来调整参数，又或者使用IPO这个R包来根据数据集情况对参数进行调优。

IPO(Isotopologue Parameter Optimization, “同位素参数优化”) 使用稳定的天然13C同位素来计算peak picking得分。保留时间校正是通过最小化特征内的相对保留时间差异来优化的，而grouping的参数是通过一次混合样品的injection中，只有1个峰的feature的数量最大化来优化的。下边是IPO参数调优的一个流程图。

调用R包

数据前处理包含3个步骤

chromatographic peak detection：色谱峰检测

alignment (also called retention time correction) ：峰对齐

correspondence (also called peak grouping)：峰分组

Chromatographic peak detection aims to identify peaks along the retention time axis that represent the signal from individual compounds’ ions.

简单来说就是，卡一个m/z范围，这个m/z范围理论上能代表某单个成分离子，检测这个离子沿着RT方向形成的峰。如下图的蓝色曲线。一条代表一个峰。

色谱峰检测的算法

findChromPeaks 函数，可以使用相应参数对象进行配置算法

其中，IPO支持的参数优化的算法：

centWave

matchedFilter

下边用demo数据进行演示用法

使用IPO找到最优参数：以matchedFilter算法为例。