蛋白质的三级结构和四级结构的作用力主要有「疏水作用、离子键、氢键和范德华力」等,利用ChimeraX可以分析这些分子间的作用力。

在ChimeraX中分析蛋白结构间作用力的方法有三种，包括「Clashes」（分子间因为距离太近导致的不利相互作用）、「Contacts」（分子间的各种极性和非极性互作）和「H-Bonds」（氢键分析）。可以在Tools>>Structure Analysis中选择。

三种分析流程基本相似，在此以分析氢键为例进行介绍。点击「H-Boods」后弹出如下界面。红框①内的距离和角度等参数软件已设置好，一般选择默认参数，不需要更改。默认的氢键颜色为黑色，点击Color可以更改显示氢键的颜色。红框②内可以选择显示蛋白结构间、蛋白内部等各种想要的氢键。

红框③选择后可以在Log界面看到具体的互作位点,为我们后续标注位点提供便利。

分析完成后就可以看到氢键和含有氢键的位点。

当分析出互作位点后需要对其进行观察和标注，根据Log界面的信息我们选中互作的位点,然后依次选择Graphics>>View selected就可以查看氢键位点的细节图。

知道氢键位点后可以对这个位点进行标注，依次选择Actions>>Label>>Residues就可以选择想要的标签，这里的标签颜色也是可以更改的，如果对标签位置不满意也可移动标签。

当我们分析完结果后便可以导出我们想要的图片，点击保存可保存图片为「tif」、「jpg」等常规格式，这里建议大家也将分析后的结果存储为「cxs」格式，用于后续分析或修改。

以上是关于chimera的常规用法介绍，chimera还有很多可以开发的用法满足蛋白可视化中很多需求，大家可以在使用中点击Help了解具体用法。

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本期的介绍就到这里，至此「用ChimeraX对AlphaFold 结果可视化」系列教程已完结。喜欢的朋友请多多点赞、收藏加转发！！如果大家在阅读的过程中有任何问题，欢迎在农心生信工作室后台留言，或加入 农心生信工作室学习交流群 提问，我们会努力为大家答疑解惑。