想要增加样本量有限的 DNA 靶标，等温全基因组扩增 (WGA) 是最有效的方法。[1] 特别是在需要多次重复实验的遗传疾病研究中特别有用。通过 WGA 扩增的 DNA 可以用于下游的二代测序、Sanger 测序、芯片基因分型和单核苷酸多态性 (SNP) 基因分型。[2] 目前已经开发出了多种 WGA 技术，它们的操作方法和易用性各不相同。

Phi29 DNA 聚合酶是进行 WGA 的首选酶。Thermo Scientific 可提供一种 改进型 EquiPhi 29 DNA 聚合酶，其是通过体外蛋白改造而开发的特殊 Phi29 DNA 聚合酶突变体。[3] 该酶在蛋白热稳定性、反应速度、产物产率和扩增偏好性方面明显优于常规 Phi29。此外，它保留了野生型酶的所有优点，包括高持续合成能力（扩增长达 70 kb）、强劲的链置换活性和 3'→5' 核酸外切酶（校正）活性。因此，推荐使用 exo-resistant random primer。表 1中将经典 Phi29 和EquiPhi 29 DNA 聚合酶做了比较。

表 1.Phi29 和 EquiPhi29 DNA 聚合酶相关数据比较。

与其它 WGA 商业化试剂相比，EquiPhi29 DNA 聚合酶还可以实现时间更短、速度更快的多重置换扩增 (MDA) 方案。 动手操作时间大约 30 分钟，整个流程时间大约是 2 个小时（图2）。

在与其它同类 Phi29 DNA 聚合酶的研究中，EquiPhi29 DNA 聚合酶在扩增高 GC 含量靶标时偏好性最低（图1），并且无论是从 DNA 质粒（图3）还是从整个基因组DNA（图4），均可在 2 小时内扩增获得最高产量的靶序列。

图 3.当扩增3细菌基因组时，EquiPhi29 DNA 聚合酶显示出较低的 GC 偏好性。使用 EquiPhi29 和 Phi29 DNA 聚合酶以及来自另一个供应商的 DNA 聚合酶，扩增具有低 GC 含量（S. aureus，33％GC）、中等 GC 含量（E. coli，51％GC）和高 GC 含量（P. aeruginosa，68％GC）细菌基因组的混合物。对于每个基因组，参考基因组的 GC 含量（以 100 bp windows 表示，灰色）被转换成未扩增基因组混合物的归一化的覆盖率（绿色）。在没有序列偏好性的情况下，所有 windows 应均匀分布且归一化覆盖度接近 1，以浅蓝色表示。使用不同聚合酶扩增后得到的归一化覆盖率。与其它 DNA 聚合酶相比，EquiPhi29 DNA 聚合酶在所有 GC 含量范围内均可以最低的 GC 偏好性扩增 DNA（EquiPhi29 DNA 聚合酶以黄色表示）。

图 4.与其它供应商的产品相比，EquiPhi29 DNA 聚合酶可以更快的速度获得更高产量的基因组DNA。使用 EquiPhi29 和 Phi29 DNA 聚合酶以及其它供应商的 DNA 聚合酶，扩增 0.5 ng 的人类基因组DNA。使用磁珠纯化 DNA 产物，并使用 Qubit dsDNA BR Assay Kit 定量分析 DNA 产物。EquiPhi29 DNA 聚合酶的推荐反应温度为 42°C；但是，在 30°C 下孵育 4 小时，可以获得更高的产量。