其实当实际的扩增信号足够高的时候这些噪音就被掩盖了。正如我刚才用的形容词，它对我们一点用也没有。

那么我们就可以视而不见吗？当然不行。事实上，背景噪音是会对曲线造成影响。我们的目标就是通过有效地扣减噪音来尽量降低这种影响。

这也正是建立基线的目的。在扩增曲线出现之前，仪器只能检测到背景噪音，我们就将这个时期的信号作为基线。当基线确立后，软件会从所有孔的信号中进行背景噪音扣减，这样就可以极大地提高我们数据的质量。

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让我们转换到线性图谱来说明基线扣减的作用。

这是我们进行基线校正之前的数据。大家请看，在Y轴上每个样本的扩增曲线起点都是不同的，这就使得指数扩增期的数据看起来有点糟糕。我们的指数扩增期在线形图谱上就是弯曲的这个部分。但是一旦我们扣除了基线噪音，那我们每个样本的在Y轴上就都是从零开始了。这样数据就整齐多了。

我们把进行背景噪音校正之后的荧光信号值称为△Rn。

如果我们仔细观察下扩增曲线的对数图谱，就是经常看到的那些曲线，咱们会发现纵坐标值其实就是△Rn。顺便说一下，△Rn中的“n”和ROX是相关的，这个我在另一集的Ask TaqMan视频中讲到过。如果你没有看过那段视频，可以在我们的官网或者公众号上找一找。

请注意Applied Biosystems®实时定量PCR操作软件有两种设置基线的方式，可以自动和手动。如果你选择手动设置，那么请在Analysis Settings（分析设置）中设置基线范围。

您还可以为一个Assay设置基线，在这种情况下，该Assay所有孔扣除的“噪音”均相同。你也可以为一个单独TaqMan Assay设置基线，这时仪器会对这个Assay对应的所有目标反应孔信号进行相同背景噪音扣除。

你也可以在Advanced Settings（高级设置）中为每个反应孔单独设置基线。更好的方法是，使用软件默认的自动基线设置。这时软件会单独计算每个反应孔的背景噪音扣除，这种往往会产生最优实验结果。

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那为什么我们还要手动设置基线呢？这是因为自动基线设置有时候也会不太合适，尤其是在使用一些SYBR或者非标准化试剂的时候。这时你通过扩增曲线的走势就能判断自动基线设置是否适用。如果你的扩增曲线过于倾向于S形，那可能是因为自动基线设置中的终点循环值太低了。

这就导致没有扣减足够的背景噪音，从而出现了错误的扩增曲线。你只需要将基线设置调整到手动模式，然后延后终点循环数值，直到曲线趋势正常

希望我们的分享对你有所启发，谢谢大家观看。返回搜狐，查看更多