医生在诊断颅内感染时，主要参考的是患者的病史、临床表现及实验室检查，其中脑脊液的化验、病原学的检查对于明确诊断十分重要。

常规实验室检查（如血常规、血沉、肝肾功等）：明确患者一般状况，评估用药安全性；

脑脊液检查：测定脑脊液压力、观察脑脊液外观、留取脑脊液标本化验；

病原学检查：脑脊液培养、脑脊液染色镜检等，进行诊断和鉴别诊断；

血清学检查：辅助诊断。

颅脑 CT 和磁共振：有助于观察病变的大小和部位。

脑电图：某些中枢神经系统感染性疾病会有特征性的脑电图改变。

脑组织活检：进行诊断和鉴别诊断。

行腰椎穿刺术之前，患者排空膀胱，侧卧于硬板床上，背部与床面垂直，头向前胸部屈曲，两手抱膝紧贴腹部，使躯干呈弓形，使脊柱尽量后凸以增宽椎间隙。 穿刺过程中配合操作医生，不要随意转动身体，不要过于紧张。穿刺术后患者去枕俯卧（如有困难则平卧）4～6 小时，以免引起术后低颅压头痛。

行腰椎穿刺术前会进行局部麻醉，患者不会有太大的疼痛感，仅有一些酸胀感，刺激神经后可出现麻木感，均为正常现象，这是一个临床上经常进行的操作，相对比较安全，不要过于担心。要明确颅内感染患者的病原体并进行针对性的治疗，除非存在明确的禁忌证，腰椎穿刺术是必须要做的。

颅内感染是一大类疾病，它不仅需要和颅内占位性病变、癫痫等疾病鉴别，还要相互进行鉴别，医生需要通过颅脑的影像学检查、脑脊液的化验及病原学的检测等来区别。