转自：诺唯赞生物

在表观遗传学中，传统的蛋白质-DNA互作研究技术ChIP和CUT&Tag在二代测序技术的加持下大放异彩，通过文库构建和丰富的生物信息学分析，能够在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段。但整个实验流程费时费力，对于某些特定基因位点的检测，二代测序的成本较高，搭配速度快、成本低的qPCR是更明智的选择。

qPCR在关注特定基因和潜在调控区域的研究中具有成本低、实验限制少的优势，可应用于发育生物学，肿瘤机制研究以及组蛋白修饰对基因表达的影响等。但实现CUT&Tag-qPCR也并非易事，因为CUT&Tag的技术路线与ChIP有所不同，在ChIP实验中，被抗体特异性抓取的片段一般是目的基因片段，因此可以直接进行qPCR检测。而在传统的CUT&Tag实验流程中，是通过裂解细胞，回收全基因组，并扩增带有Tn5粘贴接头的DNA片段，达到对目的DNA片段进行文库构建的目的。因此，CUT&Tag兼容qPCR的关键点和难点在于回收的片段必须是被Tn5切割的目的片段。

a、ChIP-seq，b、CUT&RUN-seq，c、CUT&Tag-seq。

（Kaya-Okur HS, Henikoff S. ,Nat Protoc, 2020 ）

CUT&Tag Pro试剂盒（Vazyme #TD904）进行了定向优化，可以同时兼容建库和qPCR——核心酶pA/G-Tnp和DNA提取磁珠的联合升级，实现了靶向切割、特异性回收目的片段的功能。使用TD904仅需5分钟，即可释放DNA Extract Beads Pro抓取到的目的DNA片段，以其为模板进行qPCR检测，判断目的基因是否有富集。同时，通过TD904获得的模板适用于各种qPCR试剂和程序。

与ChIP-qPCR相比，CUT&Tag-qPCR兼容低细胞投入量、不需要交联、超声打断等步骤，操作难度更小、耗时更短、抗体兼容性更强。在Vazyme CUT&Tag系列试剂盒中，只有TD904可以对目的基因进行qPCR检测，如果有这方面的实验需求，千万不要选错试剂盒了哟！

CUT&Tag Pro试剂盒（Vazyme #TD904）在不同细胞投入量的293细胞中对组蛋白H3K4me3体系进行了CUT&Tag-qPCR实验，本试剂盒可兼容100 - 100,000细胞，在低细胞投入量下仍有良好表现。对于不同丰度的靶点我们也对多个目的基因设计了引物进行检测，相较于阴性对照IgG，实验组中目的基因均有显著富集。

（A）不同细胞投入量下Positive Control CT值，（B）不同细胞投入量下DNA Spike-in CT值，（C）和（D）Positive Control相较于IgG的相对富集倍数。

由于应用方向和技术原理的相似性，CUT&Tag-qPCR的数据计算方式和结果体现形式可以参照ChIP-qPCR。ChIP-qPCR两种主流的计算方法包括Percent Input法和Fold Enrichment法。Percent Input法需要引入CUT&Tag实验流程并不需要的Input，因此不适用于CUT&Tag-qPCR的实验结果计算。Fold Enrichiment法引入了IgG，IgG理论上是不能特异性富集任何DNA片段，因此IgG可以作为阴性对照参与计算富集倍率，这不仅能够用于对照组和处理组相对富集倍率的计算，也能够满足单组单基因的富集验证，计算方法与常规qPCR类似，采用2-△△CT法对CT值进行处理和计算，通过数据分析软件（如SPSS）比较阴性对照组和实验组之间是否存在显著差异。

（Hong Liu, Cancer Cell, 2020）

诺唯赞提供两种可同时进行CUT&Tag文库构建和qPCR的方案，可在Vazyme官网TD904详情页中查询CUT&Tag-qPCR的实验流程和所需试剂，其中关键组分Stop Buffer联系当地销售即可领取！

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