近年来lncRNA的研究进展迅猛，各类 lncRNA 被大量发现，lncRNA的研究将是 RNA 基因组研究领域非常热门的一个方向。小编也正好也在做lncRNA相关的课题，今天就总结一下lncRNA的研究套路和最新研究进展。

• LncRNA基本介绍

LncRNA：long non-coding RNAs是一类长度大于200nt，但不编码蛋白质的RNAs，广泛存在于动植物中。它们曾长期被误认为是遗传暗物质，但近些年研究证实这类RNAs在生物的生命活动过程中起着重要的调控作用。

特点

1. 长度在200-100,000nt

2. 没有编码蛋白质潜能

3. 具有细胞或组织类型特异性

4. 表达量和保守性比mRNA低

5. 部分lncRNA不含有polyA尾巴

6. 部分也会翻译小肽段

• LncRNA功能及作用形式

功能

1. 结合转录因子，干扰其靶基因，从而调控转录

2. 作为分子海绵，吸附miRNA

3. 与调节蛋白结合，影响蛋白多聚物的形成

4. 招募染色质修饰因子，改变染色质的修饰水平

5. 与mRNA配对结合，影响翻译，剪切，mRNA的稳定性(类似miRNA功能)

作用

1. Co-location，也称cis作用

2. Co-expression, 也称trans作用

• LncRNA研究基本技术

1. 芯片或测序寻找新的lncRNA

2. 生物信息学分析

3. lncRNA定位

4. 过表达或敲减功能验证

5. lncRNA互作机制研究

• LncRNA的生物信息学分析

1. 基本处理

Ø rRNA比例评估

Ø 基本比对统计，链特异数据评估

Ø Cufflink,stringtie转录本组装

2. 特性分析

Ø 序列，位点保守性分析

Ø 外显子个数,表达和长度分析

Ø 定量差异分析

3. 新LncRNA鉴定

Ø 与已知lncRNA库比对过滤

Ø 过滤exon