天正十一年（1583年）贱岳之战后，丰臣秀吉接替织田信长成为日本的统一核心。但丰臣秀吉统一日本的进程并不是一帆风顺的，比如丰臣家在九州岛就曾经遭遇过一场耻辱性大败（户次川之战）。有意思的是，户次川之战却间接灭亡了长宗我部家。这又是怎么回事呢？

天正十三年（1585年），丰臣秀吉发动了四国征伐，目标就是即将独霸四国岛的长宗我部家。长宗我部家家督长宗我部元亲率兵抵抗，但还是被丰臣秀吉打败。长宗我部元亲向丰臣秀吉投降，交出了大部分领地，只保留土佐一国。长宗我部元亲从此成为丰臣秀吉的家臣。

天正十四年（1586年），丰臣秀吉下令讨伐即将占领整个九州岛的岛津家。刚刚加入丰臣政权的长宗我部元亲奉命出征，被编入仙石秀久指挥的四国军团。可能是为了打消丰臣秀吉的疑心，长宗我部元亲这次出征特别带上了自己的长子兼最中意的家督继承人长宗我部信亲。

然而由于仙石秀久的“瞎指挥”和贪生怕死，丰臣四国军团在户次川之战惨败，这也是丰臣秀吉统一日本过程中遇到的最大失败之一。四国军团的多位大将都战死于户次川，其中就包括长宗我部元亲的长子长宗我部信亲。而长宗我部信亲的战死给长宗我部家造成了两个问题：

第一，长宗我部信亲的战死让长宗我部元亲性情大变，长宗我部家的内部矛盾越来越大；第二，长宗我部信亲的战死导致长宗我部家的家督一时无人继承，长宗我部元亲剩下的儿子们开始了夺嫡之争。曾经风头正盛的长宗我部家在家督逐渐昏暴和严重内斗之中走向了衰落。

庆长四年（1599年），长宗我部元亲病死，继位的长宗我部盛亲则因为家中内斗而犯了多个重大错误。庆长五年（1600年）关原之战后，站错队的长宗我部盛亲被德川家康以弑兄的罪名没收了全部领地，长宗我部家灭亡。