导致做完肠镜后肚子疼痛的原因具体如下：

1、肠胀气：做肠镜时会往肠管里打气，如果操作的医生在退镜观察时，未将气体完全抽吸干净，病人可出现疼痛。因为肠道对扩张机器很敏感，肠道内有机器，会往下继续排，肠道蠕动时可出现疼痛，放几个屁后，疼痛可缓解，无需紧张；

2、肠糜烂：做肠镜时可能进行活检、治疗等操作，刺激肠壁，可能出现后续的疼痛。还可能活检部位有小的糜烂出现，一般在正规医院检查，医生会很谨慎。等到观察无活动性出血才退镜，一般这种可能性不大；

3、肠穿孔：极个别患者进行检查后有穿孔，观察肠道可看到肠道有很多皱襞。