例如BANCR就是由‘BRAF-activated non-protein coding RNA’短语的首字母排列而成。这样让人们容易理解名字的含义。

lncRNA的名字应仅由拉丁字母和阿拉伯数字组成

每条lncRNA的标识中不应出现标点符号，但可以用字母或者数字来代替标点符号。

连字符仅在特殊场合使用。例如：反义编码蛋白基因可在标识中加连字符（BACE1-AS就是BACE1 antisense RNA的名字）。

lncRNA的名字中的字母应为大写

为了与其它种类物种的基因区别开来（如啮齿动物基因的标识只要求首字母大写，其余小写），人类基因标识中的字母都应为大写。

例如“热气”（HOTAIR）基因，在人类中叫HOTAIR，而在老鼠中写成Hotair。

lncRNA的名字中不应涉及具体的物种类型

例如：如果基因名字中有H/h（代表人类），由于牵涉到同源基因的问题，就会造成一些疑惑和误导。

lncRNA的标识应避免采用一些常用的词汇

基因的名字中出现的常用词汇会带来一些混乱，给分析研究带来很多问题，因此，在命名中应避免出现常见词汇。

例如：“AIRN”基因最初公布时叫‘AIR’，从公共数据库中搜索可得到22万条不相关的信息，而搜索“AIRN”则只有10条信息。可见“AIRN”的搜索效率有效得多。同样的例子很多。

lncRNA的标识应尽可能的反映其功能

例如：'XIST'基因是'X (inactive)-specific transcript'的缩写，该基因的作用是参与沉默一对X染色体的转录。

命名的时候尽量反映基因通常的功能，而不体现其突变表型。基因的命名应简洁明了，不应包含太多信息。

功能性转录假基因应包含它们假基因的名字

目前，一些数量较少的转录假基因被发现具有功能性，例如PTENP1基因就与“PTEN-targeting”miRNA结合一起参与调节PTEN的表达水平。

具有功能的转录假基因在命名时应保留它们的假基因名称，并且不应改变其基于功能的名称。为了方便搜索，这个功能应加在标识的最后。PTENP1的命名就是这方面的例子。PTENP1 是‘phosphatase and tensin homolog pseudogene 1 (functional)’.

1. 根据lncRNA与疾病的关系，比如：

CCAT1：Colon cancerassociated transcript-1；

MIAT ：myocardial infarction associated transcript，也叫RNCR2 (retinal non-coding RNA 2)；

UCA1：Urothelial carcinoma associated 1 ,

HULC：Highly Upregulated in Liver Cancer。

2. 根据lncRNA与周围基因的位置，比如：

BACE1-AS：BACE1 antisense RNA；

HIF1A-AS2：LncRNA hypoxia inducible factor 1alpha antisense RNA-2

lincRNA HOTAIR：lincRNA HOX transcript antisense RNA；

HOTTIP：lncRNA HOXA transcript at the distal tip (HOTTIP)

而lncRNA asf的命名就直接是调控靶基因Fas的字母反过来。

3. 根据lncRNA与基因上下游的调控关系，比如：

BANCR：BRAF-regulated lncRNA 1，

ATB ： lncRNA-activated by TGF-β，

PANDA：P21-associated noncoding RNA DNA damage-activated。

4. 根据lncRNA参与的生物学功能，比如：

LincRNA-ROR：Long Intergenic Non-Protein Coding RNA, Regulator Of Reprogramming，

Xist： X-inactive-specific transcript，

GAS5：growth arrest-specific 5。

5. 根据在细胞内的定位，比如：

Neat1： LncRNA nuclear-enriched abundant transcript 1。

未知功能的lncRNA应依据基因组上下文来命名，下图中给出如何系统化的命名的规则。

未知功能的lncRNA命名规则

如果有一个很接近的蛋白编码基因，lncRNA的名字应该以这个编码基因名字开始，然后制定以后后缀，这个后缀可以下方式分类：

反义 （antisense,AS）,BACE1-AS;

内含子（intronic,IT）,例如，SPRY4-IT1;

重叠 （overlapping,OT）,例如，OSX2-OT;

长链基因间lncRNA（Long intergenic lncRNAs，lincRNAs），以LINC为前缀，数字为后缀，例如LINC00485.

本质上以上命名原则是以GNECODE的注释目录为基准， 反义RNA，正义内含子，正义重叠和长链基因间非编码RNA（lincRNA）.一些新的分类方法也应该考虑，特别对这些lnRNA，它们与编码基因是头 碰头（head to head）,因此推断它们拥有双向启动子，HGNC推荐命名这些lncRNA为反义上游（Antisense upstream,AU）,例如，GENE2-AU1。大家也应该注意到HGNC并不赞成以剪接变异体来命名，所以两个剪接变异体命名是以其中一个 lncRNA基因来命名，例如，GENE2-AS1；如果一个lncRNA基因编码的转录本跨多于一个蛋白编码基因，用lncRNA的5’末端的第一个蛋 白编码基因来命名，例如GENE-AS2

上述命名的基本架构适用于大多数lncRNA，但对于基因密集区域的lncRNA可能就不适用了，这种情况下，你应该与HGNC沟通来解决。

HGNC致力于让人类基因组中lncRNA的命名有效、规范。

想了解更多相关内容请访问

http://www.genenames.org/rna/LNCRNA

https://www.cnblogs.com/emanlee/p/4748982.html

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