R语言进行相关性分析及相关性图（相关性热图）绘制

2024-05-30 09:42| 来源: 网络整理| 查看: 265

install.packages("corrplot") install.packages("ggplot2") install.packages("ggpubr") library(corrplot) library(ggplot2) library(ggpubr)

以基因表达水平之间的相关性为例，R版本R 4.2.2。

读取数据，命名为td：

td 每个基因为1列，一共10个基因。class（td）

显示为data.frame格式。

1.方法1：corrplot绘制相关性热图library(corrplot)1.1 计算相关系数cor (td, method="pearson")

可以看一下帮助文档，了解命令格式

？cor

可以选择"pearson", "kendall", "spearman"三种相关性分析方法

cor(x, y = NULL, use = "everything", method = c("pearson", "kendall", "spearman"))1.2 把相关系数的数据命名为tdc，方便后续使用tdc 默认参数

1.3.2 更改参数，可以?corrplot命令查看帮助文档

corrplot(tdc, method = "circle", tl.col = "black", tl.cex = 1.2, tl.srt = 45)

调标题颜色tl.col = "black",大小 tl.cex = 1.2,角度 tl.srt = 45

1.3.3 更改参数，method = "ellipse", type = "upper"。

corrplot(tdc, me

【本文地址】

今日新闻