益生菌是通过属、种、亚种和株来鉴别的。因为益生菌的临床效果与特定菌株直接相关。2例如，科汉森益生菌菌株LGG®️鼠李糖乳酪杆菌菌株主要与胃肠道和免疫功能有关,3,4,5,6 而GR-1TM 鼠李糖乳酪杆菌菌株主要与女性泌尿生殖道菌群有关。7,8

益生菌产品含有数百万到数十亿个活菌，每个活菌都可形成可见的菌落，而可见菌落可用于细菌计数。因为益生菌产品的效力与菌株息息相关，所以益生菌产品保质期结束时的菌落数须与该菌株临床试验时的菌落数相当。9,10由于菌落数会随时间推移而不断减少，因此产品标签上应注明保质期结束时的菌落数，而不是生产时的菌落数。

人类肠道微生态组成在人的一生中一直在发生变动，年龄、药物、饮食和疾病都可能导致肠道微生态发生失衡（失调）。11此外，分娩方式和抗生素的使用也会影响肠道微生物组的形成。12某些类型的益生菌可通过改善菌群失衡来给宿主带来不同方面的健康益处。

数十年来，人们在体外实验、体内实验和人体临床双盲试验中对益生菌进行了充分的研究。研究结果表明，其可为许多不同的健康领域带来益处。益生菌已被证实的作用方式包括：维持肠上皮屏障的完整性、13, 14维持健康的免疫应答、15, 16促进肠内分泌细胞的激素分泌、17支持有益代谢物的生成。18, 19以下举例说明益生菌对不同健康问题的益处（列举4个健康领域）：