非键相互作用是指两个分子之间的相互作用或大分子内部的紧密接触。识别和优化配体和蛋白质之间的这些相互作用通常是基于结构的药物设计的目标。你可以使用非键相互作用工具来识别许多不同类型的吸引相互作用，包括已经被很好地理解了几十年的传统相互作用(例如，经典的氢键)，以及最近发现的相互作用，如与碳供体的弱氢键。不同类型的相互作用在强度上有所不同，但即使是较弱类型的累积效应也可能是显著的。除了引力之外，另一个重要的考虑因素是斥力相与作用。在引线优化过程中，由于结构确定不正确，键序确定不下确或电离态不正确，或修改官能团时，可能会发生这些不利的相互作用。你可以使用非键相互作用工具来识别这些类型的不利相互作用(例如，空间相互作用，不匹配的氢键对，和排斥电荷相互作用)。这种相互作用只发生在特定类型的原子之间，并且必须在一定的距离、角度限制和其他条件内。例如，要在两个分子之间形成氢键，氢键供体原子必须在另一个分子上的氢键受体原子的一定距离内(通常是3-4 A)。此外，相关原子群之间形成的角度必须在特定的范围内

A: 非键作用在DS中有多个分类主要是氢键、疏水作用、静电作用、卤素、其他。

1 有利因素

1、氢键

Note :Classical: 传统的氢键相互作用可以存在于氢键供体原子和受体原子之间。元素类型为N、0、P和S的原子被认大是经典的氢键供体原子，如果氢原子与这些原子连接，则被认为是氢键供体原子。在这种情况下，重原子不再被认为是氢键供体。如果至少存在一个电子孤对，N、0、P和S素类型的原子也是氢键受体原子(例如，NH3而不是NH4+)。然而，具有至少一个电子孤对的sp2杂化N原子如果通过单键连接到另一个sp2杂化原子，则不认为它是氢键受体原子。此外，元素类型为F、CI、Br和的原子也被认为是氢键受体原子.Non Classical: 碳氢键相互作用被认为是较弱的氢键，其中供体是极化碳原子。如果一个碳原子处于乙炔基中，或者与氧原子或氮原子相邻，那么它就被认为是供体。这些相互作用是使用与经典氢键相同的几何准则来确定的。Water: 水监测器对于识别桥接水分子(即，当一个水分子与两个不同的分子(如蛋白质和配体或蛋白质的两个结构域)形成氢键时)和可视化水网络非常有用。在确定了所有氢键后，桥链上的键被分类为水介导氢键，中间颜色为蓝色。其他至少包含一个水分子的氢键被归类为水氢键，颜色为浅蓝色。

Salt Bridqe: 盐桥相互作用是相对较强的非化学键相互作用在一对相反的带电基团之间，氢键也发生，可以在比不带电氢键更长的范围内观察到。其中一个原子带正电，一个原子带负电，它们之间有氢键。

2、静电

Note :Charge:吸引电荷相互作用存在于电荷-电荷(最大距离)截断范围内(默认为5.6 A)具有相反的整体或分数形式电荷的原子之间。盐桥相互作用也被列在静电类和氢键类中，因为它们可以被认为是两者的成员。

Pi-Charge: -阳离子相互作用可以存在于带正电荷的原子和离域键的电子之间。

3、疏水

Note :Pi-Hydrophobic: 环是由sp2杂化原子组成的平面环系。它们包括(但不限于)芳香环。Pi-Pi堆叠相互作用是按照[McGaughey,et al.,1998]的方法确定的。Alkyl Hydrophobic: 烷基被定义为以下非极化、非系: 主要是脂肪族氨基酸侧:包括丙氨酸、氨酸、亮氨酸异亮氨酸、蛋氨酸、硒氨酸、半胱氨酸、肺氨酸，赖氨酸的CB、CG和CD原子，精氨酸的CB和CG原子。配体上的疏水基是一组相邻的原子，它们与电荷的浓度(带电原子或电负性原子)不相邻。一组原子被认为是疏水的，如果它们的表面积等于或大于甲基的面积乘以表面积比例因子(默认为0.65)，这对应于氯原子的表面积。当基团的质心在烷基质心(最大距离)截止范围内(默认为5.5 A)，并且它们至少有一对原子位于用于PiPi相互作用的相同PiPi最近原子(最大距离)截止范围内时，这种类型的相互作用的标准得到满足。

Mixed Pi/Alkyl Hvdrophobic: 相与作用(有时称为CH-T相互用)是氧和环系统之间的弱相互作用。Pi-烷基相互作用存在的情况是，T环的质心和烷基的质心在烷基质心(最大距离)截止范围内(默认为5.5 A)，并且它们至少有一对原子在相同的Pi-Pi最接近的原子(最大距离)截止范围内，用于Pi-Pi相互作用。

4、卤素

Note :Fluorine: 卤素(氟)相互作用是碳结合的卤素相互作用(C-X...B-Y)，与弱氢键具有类似的结构意义。Cl,Br, l: 卤素(Cl,Br,l)相互作用的距离标准定义为原子范德华半径之和的一个分数(由卤素(Cl, Br,I)VDW分数(max)控制)。默认分数是1，使用完整的范德华距离作为截止点。与氧与氢供体的相互作用一样，卤素与氢供体的相互作用使用氢键角标准来确定相互作用。

5、杂项

附注Metal:金属-受体相互作用类似于氢键，可以存在于金属阳离子和氢键受体之间。几何参数与氢键相同，金属代替了重原子氢供体。使用Discovery Studio对金属的标准定义(即除了H-He B-Ne Si-Ar、As-Kr、Te-Xe、At-Rn和Uuo之外的所有元素)。因为形式电荷不能在输入时自动分配给所有金属(通常不可能准确地推断氧化状态)，所以假定所有金属原子都是阳离子Sulfur:除了氢键，硫也可以参与下面描述的相互作用。PiSulfur相互作用可以采用两种不同的构型，面朝上和边朝上。Sulfur-X相互作用是在二价硫和N、O或S原子之间发现的。LonePair:孤对可以与正极化的T环形成良好的相互作用

2 不利因素，Unfavorable

默认情况下，所有不利的交互都显示为红色虚线。在某些情况下，不利的交互作用将同时具有不利的和有利的交互作用类型。这表明，结构的一个小调整可以在这个位置产生一个良好的相互作用。

Steric Bumps: 原子对之间不利的空间相互作用被认为是相对于原子之间的范德华距离的密切接触。当原子-原子距离小于或等于用原子范德华半径之和的一个分数表示的闻值时，空间碰撞发生。默认的VDW分数是范德华半径之和的70%。

Donor-Donor Clashes:在气键距离内的两个供体原子构成了不利的相互作用。在有明确氢的情况下，还有一个额外的检查，以确保它们彼此指向，这样H-H-D的角度默认大于120°。Metal Repulsion: 与气键类似，金属离子和供体之间的紧密相互作用被认为是排斥相互作用。

Unsatisfied: 氢键供体、氢键受体和不参与非键相互作用的带电原子被认为是不满足的。默认情况下，不显示标识为不满足的原子。要显示它们，请在“查看交互"菜单上打开“非绑定监视器显示”对话框，并选中“不满意”框。只有被监视的原子才能被识别为不满意的原子。在创建监控器时，将添加一个名为Monitored Atoms的组。选择该组以突出显示所监视的原子。此外，对于某些范围，不满意的交互不会被监视的。如果分子范围是分子间的，或者如果被监视的对范围是

interactionsexternaltomitoredscope，则不可能区分搜索范围之外的非键和真正不满意的相互作用。当监视的对范围是interactionsWithinMonitoredScope时，同样的参数也适用。然而，在这种情况下，靠近表面的未满足的非键原子识别出可用来形成相互作用的原子。