一般来说，测序的片段越长，物种鉴定的准确度越高，但是受限于测序平台和测序费用等因素，往往需要根据检测目的来进行测序平台和扩增区域的选择。

使用传统的一代测序方法，具有准确度高、成本较低、测序读长长，几乎能覆盖16S rRNA基因的全长等优点，缺点是不能直接对混合或复杂的样本进行测序分析，因此测序通量较低。基于二代高通量测序技术（next generation sequencing，NGS），具有高通量、低成本、能直接对混合样本进行建库测序分析等优势，是当前16S扩增子测序中比较主流的研究方法，但是存在测序读长较短等缺点，一般只能选择特定的区域进行扩增，如V1−V3、V3−V4或V4−V5等区域，然后结合PE250或PE300进行测序分析。

最新的三代测序技术，具有超长读长，测序通量高等优点，因此可以轻松获取16S rRNA基因的全长，但是存在测序错误率和成本都较高等劣势，限制了其进一步的应用。相信随着该技术的不断完善和发展，未来三代测序技术或将成为微生物研究中的主流方法。