1990年，苏维埃联邦崩溃之后，原加盟国东斯拉夫共和国独立为主权国家。该国拥有富饶的黑土地域，养蜂业等农业项目也极具盛名。然而独立后没多久，由于天然资源的开发等大量项目，国民间出现了严重的贫富差距。受富裕人士支持的政府与贫困潦倒的民众间频现纷争，国内甚至出现了新的分离独立运动，史上第一位女总统斯维特拉娜.贝利科娃主动向独立派提出休战。然而这虚伪的和平并未持续多久，2010年11月独立派的自治区发现了珍贵的地下资源，政府随即以反恐之名展开大规模的进攻，独立派领导者“长老”决心与其抗争到底，东斯拉夫内战就此拉开帷幕。

与此同时，内战中出现怪物的流言越传越大。2011年2月，美国政府宣布与东斯拉夫共和国断交，此时接下了潜入调查任务的美国安全行动部组织特工里昂.S.肯尼迪才刚刚抵达距离总统府仅数公里远的老旧小城。明知BOW已被投入实战，理应奉命撤退的里昂一意孤行，继续深入。不曾想线人竟被BOW舔食者所杀，里昂也在爆炸中陷入昏迷。失去意识之前，奇异的一幕出现了，凶残成性的舔食者竟乖乖听从人类的命令，收回了血腥的长爪。恢复意识时，里昂已经被五花大绑，落入独立派反政府武装组织的手中。独立派主要成员之一亚历山大.柯察琴科——外号巴迪与JD出现在他眼前。争吵间，一名长者连声咳嗽起来，他正是独立派领导者“长老”——伊万.尤丹维奇，同时也是可以操控舔食者的那名人类。

此时的总统府内正在讨论内战的战况，贝利科娃总统认为就算不择手段也要控制情况，以争取国家真正独立的机会。会议中，他们迎来了“贵客”，那竟是伪装为BSAA调查顾问的艾达.王。照理说不分敌我的BOW是难以投入实战中的，但一种新技术改变了这一现实：利用寄生虫在人类与BOW间建立完美的主从关系，即可迫使BOW俯首称臣。

昏暗的地下室内，里昂觉察“长老”情况不妙，受支配型寄生虫侵蚀过度的他即将变异，政府军恰在此时破门而入。混乱中里昂趁机逃走，“长老”也被巴迪与JD带进错综复杂的地下道。“长老”自知命不久矣，希望巴迪能继续执行独立派斗士所策划的首都攻击计划。眼看“长老”马上就要变异，巴迪开枪送他上路，并暗自下定决心。因缘际会之下，JD与里昂结伴抵达教堂。巴迪决心继承“长老”的遗志，使用支配型寄生虫操控舔食者攻击总统府，就算因此成为怪物也在所不惜。JD无计可施，只得暗中放走里昂，并向他道出实情。JD与巴迪从小一起长大，而巴迪与他心爱的未婚妻都曾是普通的小学老师，没想到政府军却将学校视作独立派的藏身处并发起攻击，未婚妻与学生们均命丧黄泉，残忍的杀戮让善良的巴迪走上了反政府斗争的不归之路。为了阻止巴迪，里昂来到中央市场，发现寄生虫注射器已被带走，而许久未见的艾达忽然出现在他眼前。一如过往，艾达与他一番寒暄后离去，并留下善意的警告：这座城市很快会遭到军方轰炸。

一无所获的里昂只得折返，却发现教堂已被感染者扫荡，生还者仅剩下JD一人。JD忽然将身上的防弹衣脱下交还里昂，正当里昂疑惑之时，巴迪也回到了教堂。看着仍是人类的巴迪，JD万分惊喜，之后却忽然连声咳嗽起来，已经受到感染的他说出自己只希望身边的人能够幸福的微小愿望，最终死在里昂的枪下。亲眼目睹好友惨死的巴迪并未听从里昂的劝告，两人分道扬镳。

早晨正是首都攻击计划的预定时间，三辆卡车载来大批舔食者发动攻击。战况愈演愈烈，总统府内艾达的伪装被贝利科娃总统揭穿，两名出色的女性在办公室内生死搏斗，总统展现出她教练级的高超战斗技术，竟与艾达不分伯仲。外面舔食者大肆杀戮，很快穿越重重封锁，艾达想要乘机逃脱，总统却迅速按下机关，办公室很快化为钢铁密室飞速下降，将艾达一并带入地下基地。

追踪巴迪至此的里昂在舔食者的急速追逐下冲进办公室所在的位置，险些掉入万丈深渊。躲过舔食者的追杀后，里昂来到位于地下的避难所。同时被俘获的艾达轻而易举地逃离险境，在蜂巢般的寄生虫培养设施前与里昂重遇。设施内存放着大量的普拉卡寄生虫，他们是成功培育出来的支配型，同时也是艾达的任务目标。贝利科娃总统带领守卫将他们包围，艾达制造混乱并趁机逃走，里昂也成功将总统抓为人质。然而好景不长，战斗力惊人的总统轻易摆脱了他的钳制，里昂只得就近躲进掩体之中。忽然警铃大作，在巴迪的指挥下舔食者大军势如破竹。巴迪带领舔食者冲向仇人贝利科娃总统，却被坚不可摧的特殊透明材质所挡，恨不得杀之而后快的巴迪只得眼睁睁看着总统大放厥词。为了杀人灭口，总统放出基地中的BOW巨型暴君，悠然离去。

在巨型暴君压倒性的力量下，舔食者毫无作为。里昂与巴迪协力逃走，在艾达的暗中帮助下得以逃进电梯。然而又一只暴君出现，电梯被彻底毁坏，两人只得利用电梯井的铁梯慢慢爬回地面。这个时候，东斯拉夫共和国政府对外宣称遭到使用生物武器的恐怖分子攻击，发布紧急避难通知，准备以轰炸将反抗者全部歼灭。事到如今，贝利科娃总统的胜利已近在眼前。好不容易逃到地面的里昂二人又被在地面徘徊的暴君所发现，二人在强大的攻势下节节败退。受支配型寄生虫侵蚀的巴迪忍受痛苦，继续操纵舔食者进行牵制，并趁机驾驶坦克将暴君撞上石柱。舔食者遮断暴君的视线，里昂开炮将其头部击穿，终于成功地将它杀死。正当二人以为自己已经逃离危机，又有两只暴君分别从左右两侧逼近。弹尽粮绝的里昂只得扶起虚弱的巴迪逃离。

成竹在胸的贝利科娃总统准备召开记者会进行全国演讲，谴责恐怖分子使用国际禁止的BOW发起内战。总统终于扫除一切障碍，没有人会知道她的所作所为，她将带领东斯拉夫共和国走上真正的独立。总统府外，筋疲力尽的里昂与巴迪终于停下脚步，看着暴君朝自己冲来。就在这绝望之际，两只暴君被划破长空的战斗机摧毁，里昂终于明白过来，原来他的行动一直都在政府的监视之下。

美俄两国以维和之名进军东斯拉夫，迅速解除了政府军的武装。里昂与巴迪终于获救，但早已一无所有的巴迪心知寄生虫的侵蚀越来越深，希望里昂能够在他变异前杀死自己。眼见里昂不为所动，他只得把枪口抵上自己的下巴，却迟迟动不了手。里昂将他的手枪夺走，劝告他就算四肢瘫痪，也要继续活下去。说着，他朝巴迪扣下了扳机。

东斯拉夫共和国的内战最终在美俄两国的干涉下结束，贝利科娃辞去总统一职，这个国家即将迎来久违的和平。可是这次事件依旧以掩盖事实的方式落下帷幕，已经回国的里昂为此深感失望，耿耿于怀。在世界的某处，带走寄生虫的艾达正与神秘人进行视频通信，神秘人希望她将寄生虫交出，但是艾达明言拒绝了。未知的暗影笼罩着岌岌可危的世界，但对于巴迪来说，新的一天终于开始了。在重获和平的祖国街道上，下半身瘫痪的他坐在轮椅上，看着在灿烂阳光下奔跑的孩子们，脸上露出了满足的笑容。

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