清初为便于统治明代故土，顺治仍沿用明制15布政使司，只是改北直隶为直隶，南直隶为江南布政使司，即废除了南京为国都的地位。康熙初，改布政使司为省，因认为全国区划为15省，其制过大，所以分湖广为湖南、湖北两省，分江南为江苏、安徽两省，分陕西为陕西、甘肃两省，全国共为18省。

在边疆，清朝施行与内地不同的行政区划，乃由中央设辖区，委派重臣，如在东北地区设奉天（盛京）、吉林、黑龙江和在外蒙古设乌里雅苏台、在新疆设伊犁5个将军辖区，在西藏、西宁设办事大臣辖区，以及由中央理藩院直接管辖的内蒙古盟旗，连同内地18省，全国共为26个政区。清光绪十年（1884年）置新疆省，十三年（1887年）建台湾省，三十三年（1907年）改奉天、吉林、黑龙江三个将军辖区为省，加上内地18省共为23省。因光绪二十一年（1895年）清政府签订了丧权辱国的马关条约，台湾省被割让给日本，所以史称22省。清朝的22省，为中国现代省的政区划分奠定了基础。

清代省以下的各级行政区划单位基本上是沿用明制：省下辖府和直隶州，府下领散州和县。所不同的有以下几点：

（1）增加了行政区划单位——厅。这是清代在新开发地区所设置的区划单位，有直隶厅和散厅之分，直隶厅与府、直隶州平行，直隶于省，绝大多数不领县；散厅隶属于府，与散州、县相平行，成为最基层的行政区划单位。

（2）在元、明两代不论是直隶州，还是散州，一般均领县。在清代省辖的直隶州才领县，而府辖的州则不领县。

（3）元、明两代的行政区划系统都是由三级和四级系统混合组成，并以省—府—州—县的四级体系为基本的系统。在清代则是三级行政区划系统，且以省—府—县和省—直隶州—县为主。

（4）在边远辖区和省，除了在部分农业区设置府、州、县外，在内蒙古、外蒙古、新疆、青海以及东北的奉天、吉林和黑龙江，建立盟、旗行政区划单位。盟相当于内地的府，旗相当于内地的县。在西藏则设立营。