氯离子有很高的极性，能促进腐蚀反应，又有很强的穿透性，容易穿透金属表面的保护膜，造成缝隙和空蚀等局部腐蚀。

氯离子起着各种生理学作用。许多细胞中都有氯离子通道，它主要负责控制静止期细胞的膜电位以及细胞体积。

在膜系统中，特殊神经元里的氯离子可以调控甘氨酸和伽马氨基丁酸的作用。氯离子还与维持血液中的酸碱平衡有关。