临床主要用于治疗慢性肾炎、支气管哮喘缓解期、前列腺增生症、男性不育症等病症。

1.慢性肾炎：金匮肾气丸加味治疗50例，以临床症状消失，尿检蛋白、潜血均转阴为治愈结果：临床治愈41例，好转7例，无效2例，总有效率96%。(《陕西中医》2010年第5期)

2.骨痨(骨结核)：用金匮肾气丸内服，每次9克，口服2次或用本品原方水煎服治疗骨痨能取得较好疗效，其中一例患病3年，经抗痨、镇痛、封闭及中药治疗半年多未见好转的骨结核病人，服药40天诸症减轻，服药3个月诸症悉除，能自理生活，X线复查原病灶修复有骨桥形成，未见新的骨质破坏，随访多年未复发。(《中国中医药科技》2007年第2期)

3.男性不育症：加味治疗少弱精子不育症42例，与枸橼酸氯米芬(克罗米芬)、肌苷治疗21例对照，以配偶受孕为痊愈，以虽未受孕但精子密度、数量、活力、活动率以及畸形率均正常为显效，精子功能检测虽不正常，但精液常规检查有群级间改善为有效，疗程90日。结果：治疗组痊愈18例，显效15例，有效4例，总有效率88.10%；对照组痊愈4例，显效3例，有效5例，总有效率57.14%。(《医药论坛杂志》2007年第22期)