在建造於小行星前線的弗爾克範格，凡娜迪斯機構的實驗室中，進行着魔靈高達的運作實驗。面對無法達成評議會要求條件的魔靈，測試駕駛員埃爾諾拉·薩瑪雅顯得十分焦慮。――那天正是她女兒迎來4歲生日的日子。12

宇宙產業大公司貝納裏特集團經營着阿斯提卡西亞高等專門學園。來自水星的轉學生斯萊塔·墨丘利為即將展開的校園新生活雀躍不已。然而就在快到達學校時，她發現有一道身影漂浮於宇宙中。

斯萊塔在與蓋爾的決鬥後獲勝。然而她的MS風靈卻涉嫌使用被禁止的魔女技術GUND型。在此同時，米奧莉奈則因為父親德林而面對退學危機。

斯萊塔被迫再次進行決鬥。為了取消對風靈的廢棄處分，並讓米奧莉奈免遭退學，斯萊塔和米奧莉奈進行了合作。另一方面，同時對於作為對手的蓋爾而言，這是絕對不能輸的一場決鬥。

蓋爾突然對斯萊塔求婚。不知所措的斯萊塔因一時慌亂而當場逃跑。當人人都對蓋爾的行動感到吃驚時，地球宿舍的學生雀雀卻對他們投以冰冷的目光。