AF488，等同于Alexa Fluor 488。从化学结构上看，AF488是磺化后的罗丹明绿(Rhodamine Green)。通过引入两个磺酸根离子，AF488的水溶性大大增强，荧光强度增加，pH稳定性，光稳定性也提高，但是它的激发和发射谱图基本保持不变。不像荧光素类染料，AF488的荧光在较宽的pH范围内(4 – 10)保持不变。由于带多个负电荷，AF488不易分子间聚集，多个染料分子标记同一蛋白时，不易荧光自淬灭(self quenching)，或引起蛋白聚集。从各方面评价，AF488仍然是目前最好，最灵敏的水溶性小分子绿色荧光标记染料之一。

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