1689年以后，英国政府曾尽力在整个北美殖民地使英国国教会成为官方教会，但效果并不理想。马里兰虽颁布了英国国教会为官方教会的法令，如前所述，实际上得到发展是非国教会各派。1706年和1715年，英国国教会被定为南、北卡罗来纳的官方教会，胡格诺派、长老宗、浸礼宗和贵格派的影响也很大。在佐治亚，英国国教会1733年就开始扩充势力，直到1758年才取得官方教会的地位。佐治亚实行宗教宽容政策，新教其他各派借机得到了发展，而英国国教会的官方教会地位往往是徒有虚名。

英国清教运动中的激进派公理宗于1620年首次到北美，在普利茅斯、马萨诸塞、康涅狄格、纽黑文建立了公理宗的殖民地。这些清教徒抱着强烈的理想主义色彩，要在人间建立一个以《圣经》为法律基础的神圣联邦，并积极在印第安人中间传教。1631年，公理宗在马萨诸塞成为法定的官方教会。作为新教一支，它竟然也很霸道，极力主张宗教划一，试图压制和排斥一切持不同信仰者。然而，这没能阻止不从官方教会者的出现。1665年，浸礼宗教徒在马萨诸塞组织起教会。贵格派是1656年到达马萨诸塞的，他们一直反对清教徒的受教会控制的国家，因此，他们竟有4 人被其清教徒兄弟送上绞刑架。1687年，英国政府干预这里的事务，并强化王室的控制，规定统一采用英国国教会的崇拜仪式。1691年规定取消以宗教信仰作为选举权的依据，确立以财产状况确定选举权的制度，这等于给小教派某种程度的宽容，但又附加了苛刻的条件，要强制它们向官方教会交税。1727年和1729年，马萨诸塞和康涅狄格又允许一些小教派有条件地免向公理宗教会交税。这样，公理宗清教徒欲建立纯洁的神圣联邦的愿望就落空了，实际上，这些早期清教徒的后代也逐渐丧失了他们前辈的热情，采取更为务实的立场。

经过长期的斗争，到18世纪初，在现今美国的东部地区形成了这样的宗教格局：南部各殖民地是安立甘宗为官方教会，北半部占据官方教会地位的是公理宗。同时，南北又都有众多的不从官方教会的小教派在活动。

在英国殖民地的中部地区，一开始就存在着差异极大的各教派，各方势均力敌，没有哪一派能占据绝对的优势地位，因此，建立官方教会的任何企图都流于破产。现今的纽约地方，1624年被荷兰拓殖为永远性商站，1628年，在曼哈顿岛上的新阿姆斯特丹建立了第一个荷兰归正宗教会，不久被定为官方教会。1664年，新阿姆斯特丹成为英国的殖民地，荷兰的统治至此结束。1693年，英国人在内阁通过一项法令，规定英国国教会为这里的官方教会，但该法令实施范围有限，并且荷兰归正宗教会还受到特别保护，其他教派也搭上此车，各自为自己的发展寻找到机会。

贵格派于1556年第一次派传教士到达北美，几乎到处受迫害，后来获得一定程度的宽容。1672年起，中部各殖民地成为贵格派发展的主要地区，他们在西泽西组织政府，奉行宗教自由政策。东泽西本来是清教中的长老宗、荷兰归正宗、苏格兰长老宗占优势，后也落入贵格派手中。1702年，东、西泽西合并为新泽西时，贵格派的控制权便丧失了。1682年，贵格派到宾夕法尼亚开拓殖民地，他们的宗教自由政策吸引各教派的信徒涌到这里，使之成为北美宗教派别和团体最复杂的地区，其中有来自英格兰和威尔士的浸礼宗，来自德国的门诺派、浸礼宗登卡尔派、路德宗、归正宗，来自荷兰的归正宗。18世纪初，苏格兰和爱尔兰的大批长老宗信徒也来到中部地区，后来成为该地区很有影响的一支力量。

这样，到美国独立战争爆发前，欧洲基督教各派差不多都被移植到美洲来，特别在现今美国的土地上，几乎成了欧洲基督教的博物馆。这仅是一种" 移植" ，而不是欧洲基督教的翻版和复制。因为在新的土地，新的环境下，" 移植" 来的基督教已开始发生" 变异".有三个特点是值得一提的。首先，到美洲，特别是到美国土地上的基督教，与国家的关系淡薄了，越来越成为民间的事情；其次，各教派间的统治与被统治关系逐渐被抛弃，人们更倾向于接受宗教上的宽容与自由，各教派平等相处；第三，由各教派间独立和平等共存中逐渐生出合作的倾向，尤其在传教活动上，联合行动是经常的事情。

另外，由于在世俗事业上的拓展和冒险活动，宗教在人们心目中的地位不像在欧洲那么强烈了，人口中没有任何宗教信仰的人数在稳步增长。

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