理工类横向科研项目合同常用办理流程及常见问题（20230526版）

常用办理流程

1、理工科横向进账合同办理流程

2、理工科横向绩效提取办理流程

3、理工科横向项目结题结转及科研培育基金办理流程

4、理工科横向项目变更负责人办理流程

5、理工科横向补充协议、报价单等用章办理流程

6、理工科横向项目预算调整办理流程

常见问题

1、 学校有合同模板吗？

2、 横向进账合同应通过PIM系统还是科研管理系统提交审核？

3、 在科研管理系统上传的合同电子版需要甲方先盖章吗？

4、 合同提交以后，为什么一直没有审核通过？

5、 合同到哪里盖章，需要打印几份？

6、 合同需要交几份原件进行归档？

7、 合同电子版在哪里上传？扫描要注意什么？

8、 申请预开发票或入账时，为什么科研系统提示合同未归档？

9、 横向进账合同的学校管理费比例是多少？

10、 横向进账合同哪些部分可以不交管理费？

11、 横向进账合同的增值税是多少？

12、 横向进账合同如何办理免税？需要多长时间？

13、 技术服务、技术咨询合同可以免税吗？

14、 如果有关联单位，如何进行公示？

15、 学校有补充协议的模板吗？

16、 补充协议可以通过科研管理系统线上审核吗？

17、 横向绩效提取时，如果甲方不提供结题证明怎么办？

18、 横向项目办理结题以后，经费还能用吗？

19、 横向项目结题以后，剩余经费可以一次性提取吗？

常用办理流程

1、理工科横向进账合同办理流程

分三个步骤：

第一步，提交待审合同

第二步，审核、盖章

第三步，合同归档

合同归档以后，可办理入账、预开发票等。

第一步，提交待审合同

1. 进入上海大学主页一网通办，登录科研管理系统。

2.登录科研管理系统后，可选择左上方“科研项目”，点击“新增横向项目”。

或选择右边“快捷通道”，点击“横向项目”。

3. 根据系统提示填写项目信息、上传甲方营业执照，并上传待审核的合同电子版及相关附件等。

4. 请注意，如果“用章信息”处没有自动关联用章文档，可手动上传，否则下一步不能打印用章审批单。

第二步，审核、盖章

5.提交合同后，由学院审核员、横向管理员、法务（如需要）依次审核，全部审核通过后，系统会显示“学校通过”。

6.审核通过后，点击打印用章审批单，项目负责人须签字。然后携用章审批单和纸质合同，到上海大学一站式服务中心3-3科研管理部窗口盖“上海大学合同专用章（1）”。

用章审批单样本如图所示：

如不能打印用章审批单，请返回查看第一步第四条。

*7. 横向合同如果应甲方要求，需加盖学校行政公章或法人章时，则还需通过PIM系统提交用印申请，审核后至上海大学一站式服务中心2-1党政办窗口用章。（*这一步不是必须的）

第三步，合同归档

8. 合同甲方、乙方单位都盖好章后，项目负责人在盖章页签字，扫描一份清晰的双章合同扫描件，将PDF上传至科研管理系统“双章合同”处；并提交一份纸质版合同至横向管理员处，用于合同归档（理工类横向合同：行政楼508a，张会文、徐恒）。

9. 合同电子版、纸质版经横向管理员审核无误后，进行归档，科研管理系统生成正式的合同序号（如：2023(科合)00 XXX）。至此，进账合同立项完成。

10. 下一步项目负责人可进行入账、预开发票等操作。

2、理工科横向绩效提取办理流程

项目负责人通过财务处网站下载、填写《上海大学理工科横向项目绩效支取申请表》，表格中根据项目进展状况，勾选“中期考核”或者“结题验收”。表格经项目负责人签字，学院签字、盖章之后，提交至科研管理部科技合作处进行审核（理工类项目：行政楼508a，张会文、徐恒），审核通过并盖章后，和报销材料一起提交至财务处报销。

项目中期提取绩效，需要满足以下条件之一：（1）合同中有相应的条款，如“完成中期验收后支付第二笔款项”、“完成XX阶段任务后支付第X笔款项”等内容，并已收到甲方的对应款项；（2）有甲方单位盖章的中期验收证明（或其他中期验收相关证明材料）。

项目结题后提取绩效，需要满足以下条件之一：（1）合同中有相应的条款，如“完成结题验收后支付项目尾款”等内容，并已收到甲方的尾款；（2）有甲方单位盖章的结题证明（或其他结题验收相关证明材料）；（3）合同截止时间超过一年以上，且项目已完成、和甲方无纠纷的情况下，项目负责人可以支取横向项目绩效，并注意及时办理结题手续。

3、理工科横向项目结题结转及科研培育基金办理流程

第一步，办理结题

根据学校的相关办法的要求，横向科研项目完成以后应及时办理结题手续；超过一定年限的经费卡号，剩余经费应办理结转。

结题手续有两种方式：一是在每年上半年，以学院为单位统一办理，项目负责人将结题证明材料交给学院汇总；二是项目完成后，项目负责人自行通过科研系统中上传结题证明材料的扫描件。

结题证明材料形式，可以二选一：1）结题确认表。项目负责人通过“科研管理部主页-下载专区-理工-理工科横向相关下载”下载、填写表格，学院签字、盖章，科研管理部科技合作处审核、盖章；2）甲方单位盖章的结题证明或复印件（请备注经费卡号和项目负责人姓名）。

第二步，办理结转

   关于结转，项目负责人可以选择横向项目结题一次性奖励支取（财务处网站下载）；也可以根据培育申请的通知，申请科研培育基金，具体办理时间以每年科研管理部、财务的通知为准。

4、理工科横向项目变更负责人办理流程

需要下载、填写《横向项目项目负责人变更申请表》一式三份（科研管理部主页-下载专区-理工-理工科横向相关下载），由原负责人本人及所在学院签字、盖章，新负责人及所在学院签字、盖章，并提交至科技合作处审核。审核通过后，理工科横向管理员收取其中一份申请表，在科研系统中变更负责人信息。项目负责人还需要去财务处交一份申请表，变更经费卡到新负责人名下，剩下一份申请表自留。

5、理工科横向补充协议、报价单等用章办理流程

项目负责人通过“科研管理部主页-下载专区-理工-理工科横向相关下载”下载、填写《用章审批单》，携用章审批单和待审核的补充协议或报价单等用章材料至学院，进行审核并签字、盖章后，再携以上材料到科技合作处理工科横向管理员处进行审核（行政楼508a）。根据情况，横向管理员签字同意用印，或转给法务继续审核。审核都通过后，可携用章审批单和补充协议至一站式服务中心三楼3-3科研管理部窗口盖章。（注：如果希望减少修改次数，可以在学院审核前，提前联系横向管理员对补充协议草稿进行预审）

补充协议盖好章之后，项目负责人需要提交一份原件给横向管理员，将扫描件上传至科研系统中该横向项目的“文档+”栏目。

6、理工科横向项目预算调整办理流程

根据《上海大学科研项目与经费管理办法（上大内〔2021〕224号）》第三条规定，“若合同中无明确约定，直接费用为留校经费的67%，间接费用为留校经费的33%。”

因此，项目负责人申请横向项目预算调整的前提是：在横向合同或补充协议中，甲乙双方对于合同经费比例有约定。（如：项目经费全部用于科研，不设绩效；或者双方约定一个具体的经费比例。）

如果合同或补充协议中有约定，项目负责人可以申请横向项目预算调整。是否需要填写横向预算调整申请表，分两种情况：

（1）申请入账前，负责人请将合同中关于绩效约定的有关内容截图上传至经费到账的附件中，科研经费管理员会根据附件内容依据合同约定进行人工设置。设置成功后，不用再填横向预算调整申请表。

（2）如果在入账前未上传有关附件，科研经费管理员未人工修改，入账时科研系统还是会自动设置为“直接经费67%、绩效25%”。这时需要项目负责人填写横向预算调整申请表（财务处网站下载），找科技合作处横向管理员（行政楼508a）审核、盖章后，到财务处进行横向预算调整。

常见问题

1、学校有合同模板吗？

学校科研管理部网站上有四技合同模板（技术开发、技术服务、技术咨询、技术转让），是由上海市科学技术委员会、上海市工商行政管理局制定的。可通过“科研管理部主页-下载专区-理工-理工科横向相关下载”进行下载。

所有合同中的合同法均已替换为民法典，下载使用即可，如合同中仍出现合同法的，审核时将全部退回修改。

不使用标准模板，或使用甲方模板的合同，横向管理员在审核时，将视合同具体情况对合同类型进行调整。

2、横向进账合同应通过PIM系统还是科研管理系统提交审核？

横向进账合同应通过科研管理系统进行提交。只有通过科研系统审核的合同，才能归档并生成合同序号，后续才能申请经费入账。只通过PIM系统审核的合同不能归档，不能进行经费入帐操作。

横向合同原则上无需使用校行政章或法人章，如甲方要求使用，则须通过PIM系统提交用印申请，审核后至上海大学一站式服务中心2-1党政办窗口用章。

3、在科研管理系统上传的合同电子版需要甲方先盖章吗？

在科研系统提交审核时，上传的合同电子版应为双方拟定的合同草稿，审核通过后，再进行合同盖章。

4、合同提交以后，为什么一直没有审核通过？

合同需要经过学院审核员、横向管理员、法务（如需要）依次审核，全部审核通过后，系统才会显示“学校通过”。

如果一直没有审核通过，建议老师在系统中看一下审核状态，用鼠标点击蓝色字体“已提交”，看看审核到哪一步，可根据情况提醒学院审核员、横向管理员进行审核。一般情况下，横向管理员、法务会在工作日当天完成审核。

5、合同到哪里盖章，需要打印几份？

合同审核状态变为“学校通过”以后，打印用章审批单、负责人签字，并根据合同中约定的份数打印合同，到宝山校区一站式服务中心三楼3-3科研管理部窗口用章。（注：寒暑假盖章地点请根据科研管理部工作提示）

常见的合同份数是4份或6份，甲乙双方各持2到3份。

6、合同需要交几份原件进行归档？

理工科横向管理员处只需收取一份纸质合同，应提交合同原件或正本。

理工科横向合同请提交至行政楼508a横向管理员处，或请一站式3-3窗口的值班老师代为转交。

7、合同电子版在哪里上传？扫描要注意什么？

在“科研管理系统-横向项目列表-操作-上传双章合同”处上传。

合同扫描件是合同认定、合同归档的重要材料。扫描时，要注意页面完整、清晰、字体朝上；要按页码顺序，一页一页进行扫描，不能两页一起扫；盖章页应有负责人签名；对方单位公章上的单位名称应与合同里的单位名称完全一致，公章要清晰。

8、申请预开发票或入账时，为什么科研系统提示合同未归档？

未归档有两种情况。一种是缺合同纸质版或电子版，及时补交即可；一种是已提交了合同纸质版、电子版，但因为技术开发合同须进行合同认定登记，合同认定登记成功后（一般需1-2周的时间），横向管理员才会进行归档操作。

9、横向进账合同的学校管理费比例是多少？

理工科横向进账合同的学校管理费比例是8%。

10、横向进账合同哪些部分可以不交管理费？

根据《上海大学科研项目与经费管理办法（上大内〔2021〕224号）》第三条规定，“横向科研项目外协经费，不纳入科研工作量考核认定范围，不设间接费用。”即外协部分不交管理费，同时不算科研工作量。

外协经费分为外协设备和外协服务。合同约定时，应约定具体金额和外协单位，外协金额不得超过合同总金额的50%。

11、横向进账合同的增值税是多少？

一般分三种情况。

第一种是免税的技术开发合同，通过技术开发合同认定后，可开具0%税率的增值税普通发票。

第二种是技术服务、咨询、购销、合作协议等其他类型合同，以及未通过免税认定的技术开发合同，开具3%税率的增值税专用/普通发票。

第三种是购销合同，开13%增值税专用/普通发票。

另，合同中约定的外协费用，外协服务费开具3%税率的增值税专用/普通发票，外协设备费开具13%税率的增值税专用/普通发票。

具体信息请咨询财务处，以财务处的解答为准。

12、横向进账合同如何办理免税？需要多长时间？

老师提交合同电子版、纸质版以后，横向管理员会依序进行合同认定的提交。合同认定是提交给上海市技术市场办公室等部门审核，流程需要1-2周。

13、技术服务、技术咨询合同可以免税吗？

不能免税。

14、如果有关联单位，如何进行公示？

根据《上海大学科研项目与经费管理办法（上大内〔2021〕224号）》第十二条规定，“原则上科技合作或外协不得涉及关联交易，如确因项目需求，需提供关联单位从事本科研合作或外协必要性和理由的情况说明，并在合同签订前在校内科研管理部网站上公示相关信息，公示期为3个工作日。”

公示前，项目负责人应主动向所属学院、科研管理部报备，并提供关联单位从事本科研合作或外协必要性和理由的情况说明。科研管理部根据情况说明，在部门网站上公示3个工作日，公示结束无异议后，项目负责人可签订合同。

15、学校有补充协议的模板吗？

学校没有补充协议的模板。

16、补充协议可以通过科研管理系统线上审核吗？

补充协议目前不能通过线上审核，需要线下办理。（见“理工科横向补充协议办理流程”）

17、横向绩效提取时，如果甲方不提供结题证明怎么办？

如果合同条款中有约定，或者有中期验收证明等，或者合同截止时间超过一年以上，老师可以提取绩效。具体请见“理工科横向绩效提取办理流程”。

18、横向项目办理结题以后，经费还能用吗？

横向项目办理结题以后，经费可以正常使用。横向经费的结题结转、申请培育基金以学校的具体通知为准。

19、横向项目结题以后，剩余经费可以一次性提取吗？

可以，但要先办理结题手续，或者合同期限到期满一年。一次性提取的办理流程和横向绩效的提取类似，先到财务处网站下载《横向项目结题一次性奖励支取申请表（理工科类）》，由项目负责人填写，学院签字、盖章，然后找理工科横向管理员（行政楼508a）审核、盖章，再到财务处进行报销。