APG IV系统是由APG（“被子植物系统发育研究组”的英文Angiosperm Phylogeny Group的缩写）建立的被子植物分类系统的第四版，于2016年发表在《林奈学会植物学报》（Botanical Journal of the Linnean Society）上[1]，是一个基本建立在分子系统发育研究之上的现代被子植物分类系统。APG系统的第一版——APG I系统（发表时无版本数字，仅叫“APG系统”）发表于1998年；第二版APG II系统发表于2003年，第三版APG III系统[2]则发表于2009年。在APG III系统发表的同一期刊物上，APG给出了其中各科的顺序排列版本，另文单独发表。[3]2011年，APG的两位学者里维尔和切斯又用林奈系统框架把它处理成等级式的顺序排列版本，其中包括了超目这一等级。[4]APG IV系统就在这些成果的基础之上，结合7年来的一些新研究成果修订而成，在其中也给出了林奈系统的等级式顺序排列目录，但没有列出超目。

APG IV系统把被子植物简单地做为一个无等级的演化支，方便与植物界的各种高等级分类系统对接。比如，切斯和里维尔在他们提出的切斯－里维尔有胚植物系统中就把被子植物作为亚纲——木兰亚纲（Magnoliidae），与苔藓、蕨类和裸子植物的各个亚纲并列，共同组成包括所有有胚植物（也叫陆生植物或高等植物）的木贼纲（Equisetopsida）。[5]多识植物界系统则把被子植物处理为一个纲——木兰纲（Magnoliopsida），与松纲（Pinopsida，即现生裸子植物）共同置于无等级的演化支种子植物（seed plants）之下。

APG IV系统共有64个目，416个科，数目适宜，便于应用和教学。因此，国际植物分类学界有不少人推荐用APG IV系统代替传统分类系统，作为学术研究和科学传播的基础工具和交流框架。与APG IV系统类似，裸子植物以及石松植物和蕨类植物也有基于分子系统发育的新系统，即克里斯滕许斯裸子植物系统(文献库未收录该文献！)和PPG I系统[6]。

自APG III发表以来，陆续又有一些新的被子植物系统发育研究成果公布，造成APG III系统中分类群的范围和位置发生变化。为了解决这些新变动引发的“归拢派”（lumpers，主张把几个小分类群合并成一个大分类群）和“分割派”（splitters, 主张把一个大分类群拆分成几个小分类群）之争，2014年，APG的几位研究者在网上设置了23份相关调查问卷，通过征求一般专业人士的意见，决定合适的修订方案。最终他们收集到441份反馈（大部分回答者来自北美洲和欧洲，仅有6人来自中国大陆），主流意见是维持“传统的”科的界限（比如拒绝把仙人掌科和马齿苋科等小科合并，保持一个“纯粹的”仙人掌科）。[7]

APG IV系统基本采纳了这些调查意见，因此其作者声称他们建立这一版系统的方法论总体是“保守的”，除非有公认的需求，否则并不打算对APG III系统做出修改。与APG III系统相比，APG IV系统新命名了两个新的演化支，即超蔷薇类（superrosids）和超菊类（superasterids）；承认了5个新目，即紫草目（Boraginales）、五桠果目（Dilleniales）、茶茱萸目（Icacinales）、水螅花目（Metteniusales）和黄漆姑目（Vahliales）；此外还承认了几个新科。与此同时，也有一些目和科被归并。[1]值得指出的是，APG IV系统有的地方并没有采纳已经发表的一些研究成果（比如并未拆分水玉簪科、铁青树科和檀香科），而是认为这些研究成果需要进一步的研究支持，才能作为修改系统的依据。[1]:5APG IV系统也没有采用超目这一等级，这为超目的划分提供了开放性，使APG IV系统可以和更多的被子植物目上分类系统对接。

和较早的APG系统一样，修订后的APG IV系统也是以被子植物的系统发育树为基础，如下图所示。[1]

无油樟目

睡莲目

木兰藤目

木兰目

樟目

胡椒目

白樟目

金粟兰目

菖蒲目

泽泻目

无叶莲目

露兜树目

薯蓣目

百合目

天门冬目

棕榈目

禾本目

鸭跖草目

姜目

金鱼藻目

毛茛目

山龙眼目

昆栏树目

黄杨目

(继续)

大叶草目

五桠果目

虎耳草目

葡萄目

蒺藜目

豆目

蔷薇目

壳斗目

葫芦目

卫矛目

金虎尾目

酢浆草目

牻牛儿苗目

桃金娘目

缨子木目

苦榄木目

无患子目

腺椒树目

十字花目

锦葵目

红珊藤目

檀香目

石竹目

山茱萸目

杜鹃花目

茶茱萸目

水螅花目

丝缨花目

紫草目

龙胆目

黄漆姑目

唇形目

茄目

冬青目

菊目

南鼠刺目

绒球花目

伞形目

川续断目

盔被花目

根据上述系统发育树，可以按顺序排出APG IV系统的主要演化支和它们所包含的目。

根据上述系统发育树，可以把APG IV系统的各个科纳入到林奈式等级体系中，并按顺序排列。更详细的包含有目和科的异名表的列表，参见APG IV系统列表。

下文中使用的符号：

APG IV系统只有目和科两级，没有像APG III系统那样设立超目。由于APG IV系统的目多达64个，设置适当的目上等级看来是有必要的。

一种方案是继续遵循里维尔和切斯为APG III系统设立的超目。[4]这只须在APG III系统的超目基础上，把木兰超目中的金粟兰目独立为金粟兰超目即可。这样APG IV系统就有19个超目。

多识被子植物系统没有采用切斯－里维尔有胚植物系统和与之配套的上述超目划分方案，而是把被子植物处理为纲级——木兰纲（Magnoliopsida），在木兰纲之下设8个亚纲，即无油樟亚纲、睡莲亚纲、木兰藤亚纲、木兰亚纲、金粟兰亚纲、百合亚纲、金鱼藻亚纲和蔷薇亚纲。其中木兰亚纲划分为2个超目，即胡椒超目和木兰超目；百合亚纲划分为7个超目，即菖蒲超目、泽泻超目、无叶莲超目、露兜树超目、百合超目、天门冬超目和鸭跖草超目；蔷薇亚纲划分为11个超目，即毛茛超目、山龙眼超目、昆栏树超目、黄杨超目、折扇叶超目、五桠果超目、蔷薇超目（合并了虎耳草超目，相当于APG IV的超蔷薇类）、红珊藤超目、檀香超目、石竹超目和菊超目；其他5个亚纲则各含1个超目。这样木兰纲就总共划分为25个超目。通过亚纲和超目两个等级的划分，被子植物的目便得到了更有层次感的排列。

APG IV系统提出后，在科的设置上受到学界的一些批评。APG IV系统出于所谓“保守”态度，对于APG III系统发表之后的新分子结果没有一概接受，因此对于铁青树科[8]、薯蓣科和水玉簪科这几个有证据显示是并系群的科决定不予拆分；但与此同时，却承认了石竹目沿续APG III系统的剧烈变动，使石竹目的科数膨胀为全部64个目的第一位（38个科）。

APG系统几经修改，并未完全遵守创立伊始时提出的在尽量照顾传统科概念时归并近缘小科的原则，对很多科的范围处理有较强的人为性，如：叶顶花科和青荚叶科为姊妹群，且均为单属的小科，一产亚洲，一产美洲，APG系统处理为独立的两个科；丝缨花科和桃叶珊瑚科同样为单属小科，分别产亚洲和美洲，APG系统却合并为丝缨花科；叠珠树科和伯乐树科同为单种小科，分别产澳大利亚和东亚，APG系统也合并为叠珠树科。天门冬目的天门冬科采取较为广义的概念，共有120余属，2300多种，科下类群形态差别较大，同目的耐旱草科、火铃花科、聚星草科、雪绒兰科、仙茅科组成一个单系分支，共12属，约200种，却各自独立为科。苦皮桐科和叶下珠科、粗丝木科和心翼果科均可以分别合并为广义的大科，APG系统却均保持其独立。

此外，在APG IV系统发表之后，又有一些新成立或重新予以承认的新科。其中，盾药花科[9]、宿苞蛇菰科、美丽桐科(文献库未收录该文献！)和球枝木科[10]按照APG系统的原则应该予以承认。然而，紫草目工作组（Boraginales Working Group）不同意APG IV对紫草目的处理，把广义紫草科拆分为11个科[11]；瑞典学者马茨·图林以找不到宏观形态上的共衍征为由把黄尾蓬科拆分成两个单属科（狭义黄尾蓬科和新成立的莲粟草科）[12]，这些处理则多少有违APG系统的原则。

综上所述，APG IV系统在科的设置上还有不少改进余地。在APG V系统发布之前，学者可按自己的意见对它进行改进。以下科在改进的APG IV系统中可能会予以承认（多识被子植物系统就承认了赤苍藤科、润肺木科、檀榛科、海檀木科、兜帽果科、蚊母檀科、宿苞蛇菰科、盾药花科、美丽桐科和球枝木科，使被子植物总科数增为426个）：

由于2017年深圳植物学大会通过了保留荚蒾科（Viburnaceae）一名的提议，根据优先权原则，五福花科（Adoxaceae）应改名为荚蒾科。