战国时代，日暮永远被关东的一名管领宗久抓住并讲述起了10多年前，为了除掉因山坟崩塌而破开封印的妖怪“根首”的故事。

为了保护村中的人们，犬夜叉和弥勒亲自前去调查，随后珊瑚也前来支援，而在这之后杀生丸也出现了。

年幼之时因卷入森林大火而与双胞胎妹妹刹那分开的少女永远，因为时代树穿越时空的能力而从战国来到了现代，从此永远便被日暮草太收为养女来照顾，逐渐成长为擅长打架的中学女生。另一方面，被遗失在战国时代的刹那，加入了已经变成除妖师组织首领的琥珀，以除妖为业。

10年后，刹那便与为了获得赏金而除妖的另一个少女和其瞄准的目标一起在现代出现了。

拿到两个虹色真珠的三目上臈，轻易地将菊十文字折断。但是因刹那陷入危机而发动力量的永远，用自己的妖气打造成刀并与之对抗。在刹那的帮助之下，三目上臈被除去，而永远却被飞头根所附身。

由于刹那不认永远是她的姐姐，永远和刹那因此打了起来。之后飞头根换成附身在永远的妹妹芽衣身上。另外一方面，诸叶看穿刹那没有小时候的记忆是因为被梦之蝴蝶夺掉了过去的记忆。

夺回刹那的梦、睡眠和记忆的唯一方法是逮住梦之蝴蝶。永远决定要返回战国时代。草太欣然为永远送行。芽衣希望永远、刹那和诸叶会回来。永远和芽衣许下一定会回来的约定。

诸叶欺骗占据时代树力量的根首，打开通往战国时代的通道。随着通道抵达御神木核心的三人，和时代树的精灵对峙。精灵借用了过去的巫女桔梗的外貌。

使用能够抽出人类和野兽骨头之妖术的可疑童子 若骨丸，为了让妖怪父亲复活而收集骨头。永远和刹那接受委托除妖。若骨丸为了替父亲报仇伏击。