由于与r-6密切相关（图4），FRET发生在与生化反应高度相关的空间尺度上，例如蛋白质-蛋白质或蛋白质-DNA相互作用。FRET可以通过灵敏的荧光读数来探测分子间的相互作用。这能让研究人员在体外和体内研究分子相互作用。通过合适的荧光标记将两个相关的相互作用方连接起来，可以分析双分子相互作用。FRET还允许构建生物探针，通过强烈的构象变化导致的分子内FRET来报告第二信使的浓度或离子强度。 FRET无疑已发展成为细胞生物学、生物物理学和生物医学成像中广泛使用的工具。