慢性腹泻的病因有以下几种：

肠道感染性疾病：以肠道内感染为主，引起感染性腹泻的病原微生物有细菌、病毒、寄生虫、真菌等。

肠道非特异性炎症：如炎症性肠病、结肠憩室炎、缺血性肠病、放射性肠炎等。

消化吸收障碍：

小肠吸收不良：小肠黏膜受损、乳糖不耐受、短肠综合征、近段小肠-结肠吻合或瘘管、惠普尔病（Whippledisease）、 α2 重链病、系统性硬化症及原发性小肠吸收不良等。

胃源性腹泻：胃酸分泌过少或过多、胃部分切除术、胃空肠吻合术后或胃肠瘘管形成，肠内容物或胆汁经常反流入胃等。

胆源性腹泻：胆汁排泄受阻或结合胆盐减少，使肠内脂肪消化吸收不良而出现脂肪泻。

胰源性腹泻：慢性胰腺炎、胰腺囊性纤维化等。

肿瘤：如小肠淋巴瘤、结肠癌、直肠癌、胃泌素瘤以及内分泌肿瘤（如甲状腺髓质癌、类癌综合征、胰腺非 β 细胞瘤、血管活性肠肽瘤 / VIP 瘤）等。

胃肠功能紊乱相关性腹泻：如肠易激综合征、功能性腹泻、甲亢等。

药源性腹泻：如服用硫酸镁、新斯的明、乙酰胆碱及利血平等均可引起腹泻。

菌群失调：近年来国内外学者逐渐认识到菌群失调也是慢性腹泻的病因之一。

其他：此外，食品、化学品中毒，及食物过敏导致的肠道变态反应性疾病，也可引起慢性腹泻。

甲亢的患者由于肠道蠕动快、消化吸收不良，以至于出现大便频率增加，甚至出现腹泻，这种情况下的大便含有较多未消化的食物。

甲亢引起的慢性腹泻多伴有甲亢的其他症状，如多食、易怒、消瘦、怕热等，可以通过检测血中的甲状腺激素水平来明确诊断。

长期慢性腹泻需要考虑是否由艾滋病导致，但是并不一定就是由于艾滋病导致的，需要行相关的检查明确，如 HIV 抗体检测等。

大部分肠道的微生物感染是急性的，但发展到一定程度就可以自行恢复，只有部分细菌或寄生虫的感染会引起持续的肠道的炎性反应，而导致慢性腹泻的发生。

导致慢性腹泻的常见细菌包括艰难梭菌、产气单胞菌等，常见的寄生虫感染包括痢疾、隐孢子虫、鞭毛虫和阿米巴。疫区旅行的病史以及抗生素的应用史，对于肠道感染的诊断有很重要价值。

可能会传染。

由病毒、细菌、微生物感染导致的慢性腹泻，可能会传染。最常见的传播途径是粪口途径，所以饭前便后一定要记得洗手。