密码子简并性具有重要的生物学意义，它可以减少有害突变。若每种氨基酸只有一个密码子，61个密码子中只有20个是有意义的，各对应于一种氨基酸。剩下41个密码子都无氨基酸所对应，将导致肽链合成终止。由基因突变而引起肽链合成终止的概率也会大大增加。简并性使得那些即使密码子中碱基被改变，仍然能编码原来氨基酸的可能性大为提高。密码的简并也使DNA分子上碱基组成有较大余地的变动，例如细菌DNA中G+C含量变动很大，但不同G+C含量的细菌却可以编码出相同的多肽链。所以遗传密码的简并性在物种的稳定上起着重要的作用。

简并性（degeneracy）:密码子共有64个，除了3个终止密码子外，其余61个密码子代表20种氨基酸，除了Trp 和Met各有1 个密码子外，其它18种氨基酸均有2个或多个密码子，密码子中有一个核苷酸可以是不同的，这称为密码子的简并性。密码子的简并性不是随机的主要是由第三位的碱基摆动造成的，如脯氨酸的4 个同义密码子（CCU、CCC、CCA、CCG），5’-端的2 个碱基相同，不同的是3’-端的碱基。5’端的2个碱基决定密码子的特异性。这是意味着第三位碱基摆动可以不影响正常的翻译。密码子简并性和它的特殊排列，对于防止突变的影响，保证种属稳定性有一定意义。