工商局。南京注册公司的流程：1、核名：到工商局去领取一张“企业(字号)名称预先核准申请表”，填写你准备取的公司名称，由工商局上网(工商局内部网)检索是否有重名，如果没有重名，就可以使用这个名称，就会核发一张“企业(字号)名称预先核准通知书”。2、租房：去专门的写字楼租一间办公室。租房后要签订租房合同，并到房管局备案。3、编写“公司章程”：章程需要由所有股东签名。4、刻私章：(全体股东)去街上刻章的地方刻一个私章，给他们讲刻法人私章(方形的)。5、注册公司：到工商局领取公司设立登记的各种表格，包括设立登记申请表、股东(发起人)名单、董事经理监理情况、法人代表登记表、指定代表或委托代理人登记表。填好后，连同核名通知、公司章程、房租合同、房产证复印件、一起交给工商局。大概15个工作日后可领取执照。6、凭营业执照，到公安局指定的刻章公司，去刻公章、财务章。后面步骤中，均需要用到公章或财务章。7、办理企业组织机构代码证：凭营业执照到技术监督局办理组织机构代码证，需要3个工作日。8、办理税务登记：领取执照后，30日内到当地税务局申请领取税务登记证。一般的公司都需要办理2种税务登记证，即国税和地税。办理税务登记证时，一般必须有一个会计，因为税务局要求提交的资料其中有一项是会计资格证和身份证。当然，可以请一个代理记账公司代理会计账务。9、去银行开基本户：凭营业执照、组织机构代码证、国税、地税正本原件，去银行开立基本帐号。10、申请领购发票：如果你的公司是销售商品的，应该到国税去申请发票，如果是服务性质的公司，则到地税申领发票。

可以，在法律效应上两者是没有区别的，具体情况如下：1、分公司是与总公司或本公司相对应的一个概念。许多大型企业的业务分布于全国各地甚至许多国家，直接从事这些业务的是公司所设置的分支机构或附属机构，这些分支机构或附属机构就是所谓的分公司。而公司本身则称之为总公司或本公司。2、分公司是总公司下属的直接从事业务经营活动的分支机构或附属机构。虽然分公司有公司字样，但它不是真正意义上的公司。因为分公司不具有企业法人资格，不具有独立的法律地位，不独立承担民事责任。3、分公司没有自己的独立财产，其实际占有、使用的财产是总公司财产的一部分，列入总公司的资产负债表中。

《中华人民共和国刑法》第二百一十九条【侵犯商业秘密罪】有下列侵犯商业秘密行为之一，情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：（一）以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；（三）违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。

《中华人民共和国刑法》第二百一十九条【侵犯商业秘密罪】有下列侵犯商业秘密行为之一，情节严重的，处三年以下有期徒刑，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：（一）以盗窃、贿赂、欺诈、胁迫、电子侵入或者其他不正当手段获取权利人的商业秘密的；（二）披露、使用或者允许他人使用以前项手段获取的权利人的商业秘密的；（三）违反保密义务或者违反权利人有关保守商业秘密的要求，披露、使用或者允许他人使用其所掌握的商业秘密的。