教你运用Graphpad prism绘制柱状图和进行统计学分析(三组及以上组 |
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软件:Graphpad prism 9 数据:以qpcr的R2-△△Ct值为例(3组,每组10个生物学重复样本) 方法: 打开Graphpad prism 9,选择Column 复制qpcr的R2-△△Ct数据,粘贴到Data Tables中 找到Graphs(图),点击以上数据对应的名称,就会出现图形了 选择图形,图形有Individual values,Box and violin,Mean/median & error,可以选择自己喜欢的图形,这里选择Individual values中的第二个,如下图;plot选择“mean with SEM”(均数加减标准误),SEM为标准误,与SD关系为SEM=SD/Sqrt(n),因此SEM会远小于SD,作图会更好看些 接下来是调整图形的颜值:(1)调整命名,可选择删除Data1和Xtitle标题,点击Y轴重新命名(2)通过change版块调整 :更换图表类型; :选择colors,默认选择蓝色和、红色和绿色 :调整图形的大小 :改变X轴和Y轴的信息, :改变柱子的外观 根据以上方法,按照自己喜欢的风格,自己多摸索,就可以得到做出自己喜欢的图形,我们得到的图形如下: 接下来就是进行统计学分析了,首先我们先看一下统计学分析思路: 备注:Kraskal wall’s检验为非参数检验。 需要确定是否符合正态分布:点击Analysis,选择Column analyses——选择Normality and Lognormality Tests,即正态性检验 看正态分布检测结果,一般认为,P>0.05时,数据符合正态分布。这里有几个检测,都满足了正态分布,可以考虑用参数检验中的One-way ANOVA检验(如果不满足,则选择非参数检验)备注:结果列表中,当几种检验不一致时,小样本以shaprio-wilk test为准,大样本以kolmogorov-smimov test为准。 点击对应的Data,点击Analysis,选择Column analyses——选择One-way ANOVA(and nonparametric or mixed) 即单因素方差分析或非参数检验 查看结果,P值>0.05,故满足方差齐性。(注意,如果不符合方差齐性,需要重新进行One-way ANOVA(and nonparametric or mixed即非参数检验),equal SDs选择Brown Forsythe and welch ANOVA test矫正,再重复一次分析) 显著性分析结果 显著性分析结果作图,prism 9以上的版本,可选择自动增加显著性分析作图Draw-Automatically add painwise comparisons。 保存。建议保存矢量图格式,如PDF,也方便后续在AI上编辑。 发布于 2022-11-28 12:12 教你运用Graphpad prism绘制柱状图和进行统计学分析(三组及以上组别) 纽万生物 软件:Graphpad prism 9 数据:以qpcr的R2-△△Ct值为例(3组,每组10个生物学重复样本) CTM1.000.450.890.800.560.830.870.490.661.010.640.800.710.510.870.920.420.780.780.300.671.130.540.711.070.620.781.100.650.66 方法: 打开Graphpad prism 9,选择Column 复制qpcr的R2-△△Ct数据,粘贴到Data Tables中 找到Graphs(图),点击以上数据对应的名称,就会出现图形了 选择图形,图形有Individual values,Box and violin,Mean/median & error,可以选择自己喜欢的图形,这里选择Individual values中的第二个,如下图;plot选择“mean with SEM”(均数加减标准误),SEM为标准误,与SD关系为SEM=SD/Sqrt(n),因此SEM会远小于SD,作图会更好看些 接下来是调整图形的颜值:(1)调整命名,可选择删除Data1和Xtitle标题,点击Y轴重新命名(2)通过change版块调整 :更换图表类型; :选择colors,默认选择蓝色和、红色和绿色 :调整图形的大小 :改变X轴和Y轴的信息, :改变柱子的外观 根据以上方法,按照自己喜欢的风格,自己多摸索,就可以得到做出自己喜欢的图形,我们得到的图形如下: 接下来就是进行统计学分析了,首先我们先看一下统计学分析思路: 备注:Kraskal wall’s检验为非参数检验。 需要确定是否符合正态分布:点击Analysis,选择Column analyses——选择Normality and Lognormality Tests,即正态性检验 看正态分布检测结果,一般认为,P>0.05时,数据符合正态分布。这里有几个检测,都满足了正态分布,可以考虑用参数检验中的One-way ANOVA检验(如果不满足,则选择非参数检验)备注:结果列表中,当几种检验不一致时,小样本以shaprio-wilk test为准,大样本以kolmogorov-smimov test为准。 点击对应的Data,点击Analysis,选择Column analyses——选择One-way ANOVA(and nonparametric or mixed) 即单因素方差分析或非参数检验 查看结果,P值>0.05,故满足方差齐性。(注意,如果不符合方差齐性,需要重新进行One-way ANOVA(and nonparametric or mixed即非参数检验),equal SDs选择Brown Forsythe and welch ANOVA test矫正,再重复一次分析) 显著性分析结果 显著性分析结果作图,prism 9以上的版本,可选择自动增加显著性分析作图Draw-Automatically add painwise comparisons。 保存。建议保存矢量图格式,如PDF,也方便后续在AI上编辑。 |
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