宇宙深处的M80星球拥有高度文明，他们就是人类口中的“来访者”，结果有一天象征邪恶的地狱魔王路西法带着自己的亲信路西卜以及众多异生兽入侵了这颗美丽的星球，在这个关键时刻，一束光从天而降，象征正义与光明的诺亚奥特曼消灭了众多异生兽，并与地狱魔王路西法展开激战。可是因为多次交战导致能量耗尽，被迫幻化成了奈克斯特。

         而来访者为了阻止异生兽的野蛮生长，因此炸毁了母星，消灭了众多异生兽后逃亡至宇宙深处开始了流亡。

        同时，路西法也因为诺亚的攻击，丧失了原本的肉体，幻化成光能量子形态，并秘密追踪来访者。

        另一边，奈克斯特追踪到了力量相对较弱但扔保持着肉体的路西卜，两人便在宇宙中展开了漫长的追逐大战。（来访者的故事）

        来访者的幸存团体在宇宙中经过多年的搜寻，找到了同样爱好和平且拥有相同能量科技的地球，并在美国荒漠坠落。地球人在收留来访者后，了解了奥特曼和异生兽的存在，并秘密影藏起来，且成立了TLT和普罗米修斯计划。另外来访者也在日本建设忘川，为日后的异生兽可能的到来做准备。

        不过，追踪来访者轨迹的路西法也偷偷来到了地球，因丧失肉体，于是抢夺研究来访者的科学家山冈一的身体。并通过某种方式，知晓了未来诺亚会降临地球，并与西条凪等人合体，但由于力量丧失，他无法除掉凪，于是他决定诱惑这个女孩，将她的父母谋害，把黑暗的种子埋藏于其内心深处。随后，路西法陷入沉寂，等待诺亚的到来。（地球篇）

        多年以后，在宇宙中追逐的奈克斯特和路西卜（THE ONE）同时坠落至地球，并附身至自卫队的真木和有动，两人在新宿展开大战，最终THE ONE被击败，化成光子细胞消失，而真木也与奈克斯特分离，回到了普通人的生活当中。（电影：《ULTRAMAN》）

        又过了多年，人类为了掩盖异生兽造成的恐慌，迫使来访者利用忘川消除了大众对于异生兽和奥特曼的记忆。同时，TLT成立了专门对付异生兽的夜袭队，而沉寂已久的路西法化身石堀，与凪一起加入其中，同时还有她的恋人沟吕木。（奈克瑟斯前篇）

       摄影师姬矢准在丧失了爱拉后误入丛林深处，发现了沉寂中的奈克斯特，准与其合体，并进化成了奈克瑟斯。同时也进化出了红色青年形态，并击杀了一只地狱犬异生兽。在另一边，在夜袭队服役的沟吕木确因为路西法的诱惑，被其利用诺亚能量复制的黑暗巨人梅菲斯特引诱，脱离夜袭队。

        同时孤门一辉在经过筛选后加入夜袭队，并在途中遇到了准变身的奈克瑟斯，两人结成了友谊的桥梁。但被黑暗巨人引诱的沟吕木已经利用孤门女友莉子制造了同样依靠诺亚力量复制的浮士德。随后莉子变身与奈克瑟斯交战中觉醒，却惨死于异生兽的魔爪中，孤门差点陷入黑暗，但在准的帮助下脱离了掌控。最终，准与沟吕木在“异形之海”展开大战，并与梅菲斯特同归于尽。准在临死前与奈克瑟斯分离，并向孤门传达希望后消失。（奈克瑟斯准篇）

        不久，异生兽再次出现，而作为普罗米修斯之子的怜与奈克瑟斯合体，进化成了更强的蓝色青年形态。但他的身体状况每况愈下，保持着能救一人是一人的态度，奋力战斗。同时准的恋人佐久田惠与记者朋友根来甚藏也不断报道着有关于异生兽和奥特曼的事迹。而TLT的指挥员吉良泽优也向夜袭队透露了关于普罗米修斯和奈克斯特的秘密。夜袭队为了救怜而叛离TLT，导致松永启动红色夜袭队参与战斗。在这关键时刻，身为MP记忆警察的三泽广之突然露出了自己的真面目，原来他才是控制沟吕木并引诱他堕落的幕后黑手，在被上司首藤沙耶识破身份之际叛逃TLT，而他的目的，除了引诱怜释放奥特曼的力量外，就是寻找失踪的准。结尾处，怜与化身为黑暗巨人的三泽广之同归于尽，化为光向野野宫瑞生传达了希望后消失在山中。而凪也获得了奈克瑟斯的能量，成为第四适能者。不过隐藏在石堀身后的路西法也在看到了契机，决定开始自己的复活大业。（奈克瑟斯怜篇）

        凪在获得了奈克瑟斯的能量后，作为路西法最后傀儡的吉良泽优也彻底觉醒，他化身为新的黑暗巨人并引诱更强的异生兽与凪展开作战。也因为战力的积累，她不再进化成奈克瑟斯青年形态，而是进化成了象征正义之神的诺亚（无翅膀）。可是因为思想已经陷入黑暗，她被黑暗侵蚀后变身成了扎基。除了消灭异生兽外，也会伤及无辜。同时，松永也和另外两支夜袭队发现了路西法的存在，推断出那些黑暗巨人可能是路西法在获得了奥特曼的数据后所制造而出的傀儡，但对于路西法的目的却无从得知。

       来访者的忘川能量也愈发薄弱。石堀看准时机，趁着黑暗扎基将吉良化身的黑暗巨人消灭后，将伤痕累累的她引诱前往TLT深处，并利用忘川夺取了扎基最后的力量，恢复了新的躯体。除了获得对方黑暗能量外，他还拥有由浮士德和梅菲斯特力量幻化出的两张脸。破坏了自由堡垒基地后来到城市大肆破坏。而死里逃生的沟吕木意图阻止确失败，自己也死在作战中。此时，孤门为了救凪，跳入忘川寻找其踪迹。并通过时空之门，救下了小时候的自己。此时孤门才意识到，小时候救下自己的宇宙人原来就是未来的自己。

        被困于忘川之海的凪也在此看到了全过程，并献出了生命，将光芒传递给了孤门。最后，为了阻止黑暗力量的扩散，凪则利用扎基的剩余力量，连同忘川和自由堡垒的废墟一起，消失在了幸存者的视线里。（奈克瑟斯凪篇）

        孤门获得了诺亚的力量后，成功的变回了银色形态，与狂妄的路西法展开作战，但因为力量不足而败下阵来。不过在队长和仓、诗织以及逝去的战友和适能者的鼓励下，他爆发了力量，展现了代表最强力量的诺亚之翼。此时路西法准备做最后的抵抗，但诺亚已经拥有了完整的神力，终于，他利用闪电光线将路西法送入宇宙尽头，将这个罪恶的魔头彻底终结。而孤门也和诺亚合体，告诉人类永不放弃希望的诺言后消失在了空中。

        众多幸存者也意识到了地球的和平要靠自己守护，于是在来访者的帮助下，自发与异生兽作战，为爱与正义希望延续着火种。（完结篇）