合并东南大学失败的南京大学，又先后传出了和另外3所大学的合并传闻，但是由于种种原因也都没有下文，其中最可惜的要数和南京医科大学之间的合并。其实在2000年的全国高校合并潮中卫生部直属的13所医学类院校非常吃香，比如北京医科大学投奔了北京大学，上海医科大学投奔了复旦大学，同济医科大学投奔了华中科技大学，13所医学类院校其中11所都选择了合并到985大学中。所以从大方向来看的话，合并南京医科大学对于南京大学而言自然是一个最佳的选择。

这里谈一下南京医科大学和南京大学医学院。虽然南京大学拆分出了18所大学，在南京医科大学，跟南京大学医学院没什么关系。建国初年的南京大学医学院被拆分出来，变成了如今的第四军医大学。1987年南京大学才成立了自己的医学院，开始白手起家。而南京医科大学的前身是建国前的江苏省立医政学院，一直是独立发展的一所学校。尽管如此，当时上面还是极力促成两所学校的合并，在2009年据说当年的南京医科大学都已经准备挂牌南京大学医学院了，但结果意外出现了，原因是南京大学医学院的一部分学生不同意。

南京大学医学院的一部分学生打出了横幅，反对南京大学合并南京医科大学，至于原因很简单。当时南京大学医学院的学生，尽管大多数都是调剂到医学院的，但毕竟也是南京大学的，分数线并不低。如果南京医科大学并入到南京大学，肯定会整合到南京大学医学院，对于这部分学生而言有点不公平，南京大学有人提出：这种合并相当于是“一杯牛奶中加了半杯水”。

而本身对于南京医科大学而言，学生们自然是希望合并，毕竟合并之后就成了985大学了，相当于毕业证会升级。但是“牛奶加水”言论出炉之后，南京医科大学的学生转而不再支持合并，因为南京医科大学的学生就业并不需要靠南京大学这个招牌。南京医科大学的毕业生基本都在江苏省的各大医院，因为以前大学生是分配制，作为省属院校的南京医科大学毕业生基本分配到了江苏省。如果在江苏医院就业的话，南京医科大学的毕业证甚至要比部属的医科类高校管用的多。万般无奈之下，倍感委屈的南京医科大学也打出了横幅，反对南京医科大学被南京大学合并。

其实对于这样的合并而言，南京大学领导层自然是举手欢迎，毕竟这是增强南京大学实力的一个重要举措，又不会影响到自己的位置。南京医科大学的领导层虽然不太愿意，但是有上面的指示，加上南京医科大学的学生其实是同意合并的，所以反对的声音没有那么大。但是出了这一档子事之后，合并自然是告吹了。虽然南京医科大学一直是双非院校，但是在2022年成功的入选双一流，也算是进入了国家队。而南京大学合并了半天，一所学校都没捞到，让人不胜唏嘘。

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