Prime编辑公司上市,革命性基因编辑技术要来了?

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Prime编辑公司上市,革命性基因编辑技术要来了?

2024-07-12 19:32| 来源: 网络整理| 查看: 265

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Prime medicine,起点比目前基因治疗市值最高股--CRISPR公司还高,是否有超越CRISPR公司的可能?

1. 高起点

2. 核心技术

3. 管线策略

4. 市场潜力

5. 结语

1   高起点  

Prime medicine前不久在纳斯达克上市,没有一条进入临床阶段的管线,初上市市值约16亿美元。CRISPR、Intellia、Beam这几家出名的基因编辑公司都是没有临床数据即上市,初上市市值在5~8亿美元,而现在,CRISPR公司市值40.6亿,Intellia 40.5亿,Beam 31.2亿,回报可观。(单位:美元,数据截至11月1日)

把它们初上市市值拿出来比,可以发现Prime medicine的市值高得出奇(图1)。

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图1 各公司上市市值及融资额(来源:公开资料,丰硕创投整理)

关注基因治疗的朋友大概都有个印象:技术升级线为:慢病毒/AAV—crispr编辑—碱基编辑—prime编辑。所以,初上市市值:Prime >Beam>Editas/CRISPR/Intellia>蓝鸟生物也在合理范围内。只是,Prime的上市市值为什么高出这几家公司这么多?再去回溯这些公司上市前的融资金额,发现融资金额也是这几家公司中最高的。

如此高的起点,已经横扫绝大部分基因治疗公司。Prime medicine能撑得起16亿美元的期待吗?比CRISPR、Beam更高的起点,是否能如它们一般成长为基因治疗巨头,甚至超越它们?

2   核心技术  

先从值不值这个价说起。Prime medicine联合创始人之一是基因编辑领域大牛David Liu,但David Liu同时也是Editas、Beam公司的联合创始人,抛开创始人光环,这家公司的卖点无非是prime编辑技术。prime编辑技术是crispr技术第三代,细看这项技术,发现真的很厉害,总结出三大理由,看完之后就不奇怪市场给出比Beam高出那么多的估值了。

第一,从原理出发,理论上可以解决近89%左右的致病突变。

prime编辑有两个关键元件:Prime Editor蛋白(PE)和pegRNA 。编辑过程:1. pegRNA锚定DNA靶序列,PE的cas结构域切割DNA双链中的一条,形成一个缺口链3’flap。2. 3’flap与pegRNA的REPLACE序列结合,PE的逆转录酶域便以REPLACE序列为模板,将正确序列接入3‘flap成为校正链,随后细胞修复将优先结合这条校正链。同时,另一条互补链被cas蛋白打开缺口,诱导细胞以校正链为模板对该链进行校正。最终DNA两条链都得到修正。

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图2 prime编辑机制(来源:参考文献1,Prime medicine招股书)

简单来说,pegRNA自带定位以及正确DNA模板,PE据此可以在靶点重新合成正确的序列,完成修正。这意味着,只需通过改变pegRNA的SERACH、REPLACE序列就能进行几乎任何位点的任何修正。

根据ClinVar中显示,75000多个已知的致病性突变,这些致病突变多来自碱基替换、缺失。从原理上说,碱基编辑理论上可以解决占比30%的transition point mutation (C→T, G→A, A→G, and T→C),而无法解决剩下的70%。而按照prime编辑的原理,理论上可以解决89%左右的致病突变(如图3,暂时无法解决的11%是拷贝数增加、拷贝数丢失以及其他)。

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图3 prime编辑机制(来源:参考文献1)

第二,在crispr、碱基编辑能力范围内更完善。

此前基因编辑发展多年,crispr技术得到广泛应用,碱基编辑在这几年也突飞猛进,但也仍有其不完善的地方,也因此催化着新技术的出现,prime编辑则在此基础上更加完善。

crispr技术遭人诟病的的点有脱靶风险以及DSB带来的风险(其他部位脱靶、indels过多、缺失重排染色体易位、激活P53、降低细胞活力等),prime编辑在编辑过程中有三处互补识别步骤,相当于三处检查点,同时并没有双链断裂过程,脱靶可能性降低。研究者在试验中也检测了相关位点脱靶情况,如图4,不排除在某些未知位点有脱靶的可能,但在已知的常见脱靶位点,prime编辑的脱靶率极低。

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图4(来源:Prime medicine招股书)

当然,脱靶性以及DSB带来的风险在碱基编辑技术中也得到了完善。但碱基编辑技术也有不完善的地方,例如旁观者效应、受PAM序列限制而导致编辑窗口较小。prime编辑不受PAM序列限制,在序列很远的位点也能实现编辑,因此编辑窗口扩大(图5)。

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图5(来源:Prime medicine招股书)

同时,对于旁观者编辑效应,研究者也将prime与碱基编辑技术做了对比。在对目标位点准确编辑方面,prime编辑展现出优于碱基编辑的能力(图6c)。

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图6 prime编辑机制(来源:参考文献1)

当然,有时编辑窗口只有单个靶核苷酸,不会产生旁观者编辑,以及有时旁观者编辑并不影响最终蛋白质的功能,类似于“无义突变”,这样的情况下旁观者编辑也可以接受。在旁观者编辑可以接受的情况下,碱基编辑在其编辑窗口范围内编辑效率高于prime编辑;而在编辑窗口范围外,prime编辑效率高于碱基编辑(图6a)。同时,上图也可以看出,碱基编辑产生indels更少(图6b)。

因此,对于transition突变纠正,根据不同的编辑场景,prime与碱基编辑各有不同的优势。当碱基编辑窗口中存在单个靶核苷酸时,或者可以接受旁观者效应的时,碱基编辑比prime编辑更有效,副产物更少;当存在多个靶核苷酸并且不能接受旁观者效应时,或者当靶核苷酸位于PAM定位范围之外,prime编辑则为更优选择。

第三,在crispr、碱基编辑能力范围外更多功能。

prime的编辑原理上的优越,决定了它能实现更多的功能。一是更多碱基置换,碱基编辑仅能实现4种碱基置换,prime编辑可以实现所有置换。二是多个碱基的精确插入或者删除都能得以实现(图7),crispr技术也可以删除插入,但总体来说缺乏精确性,结果难以控制。三是可以设计一个pegRNA实现多位点同时编辑,crispr编辑则需要多个gRNA且在多处位点切开双链且因此更易导致大规模基因重排。

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图7(来源:Prime medicine招股书)

3   管线策略  

核心技术优越,公司发展管线的策略也让人期待值拉满。公司目前有四个管线策略方向:

Immediate策略—最快、最直接证明prime编辑技术的可行性。

Differentation策略—攻克其他编辑方法及基因疗法有局限性的疾病领域。比如重复扩增性疾病、由极大基因突变引起的疾病等。

“Blue sky”策略—将prime编辑技术应用于罕见遗传病之外。

“March Up the Chromosome”策略—使用prime编辑技术将”沿着染色体“纠正某个疾病的所有突变,而不是只解决最常见的突变类型,以此治疗该疾病所有患者。

对于这类技术平台型初创公司,快速拿出一份成绩证明自己是非常重要的。Prime公司当前最急需的是证明prime编辑的可行性,因此最先开展的是Immediate策略方向。这个策略下均采用体外编辑,而抛开体内靶向、递送等其他难点,抓住重点,以最直接、最快的方式证明prime编辑技术的可行性。

当然,公司也充分考虑到prime编辑的优势,做crispr编辑、碱基编辑不能做的,Differentation策略就是基于这种考量。同时,志存高远,将prime编辑技术发挥到极致,“March Up the Chromosome”策略就是向着解决某疾病所有突变、治愈所有患者的目标前进。

具体实施管线如下图:

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图8 Prime medicine管线(来源:Prime medicine招股书)

管线均处在非常早期,这是因为prime编辑技术本身目前积累的数据多为体外细胞试验,最快也只到体外编辑HSC后回输至小鼠这一步。在已进行的细胞试验中,编辑效率尚待完善;同时仅在少量细胞类型做了试验,是否可以应用于更多的细胞类型,尚待检验。

4   市场潜力  

文章开头就提到CRISPR、Beam上市时都没有一条进入临床阶段的管线,也都只有临床前数据却依旧有不错的定价,这是对该技术的美好愿景买单。而对于这类技术平台型Biotech,只要多一点临床数据证明其可行性,发展的确定性就极大提升。到如今,CRISPR公司已有5个产品进入临床试验阶段,最快的管线即将进入滚动上市阶段,Beam公司也有3个产品进入IND申请阶段,而这两家公司当前股价相比发行价涨幅分别达274%、159%(图9),这就是市场的认可。同时,管线数量以及进度都不如CRISPR的Beam,市场表现大有赶上CRISPR的势头,而比这两家公司核心技术更强的Prime,再多一些临床数据、管线推进再前一步,想必市场便会给予更大的积极响应。

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图9 CRISPR、Beam公司股价表现(来源:Choice,丰硕创投整理)

5   结语 

prime编辑比crispr编辑、碱基编辑更完善,同时又比它们功能更多,向着解决89%以上的致病突变前进。要用一句话来概括crispr编辑、碱基编辑、prime编辑的话,可以引用其招股书中的比喻:如果核酸酶基因编辑方法是基因组的“剪刀”,而碱基编辑是“铅笔”,擦除和重写基因中单个字母,那么Prime Edit就是一个“文字处理器”,搜索正确的位置并替换或修复各种各样的靶DNA。文字处理器无疑是最为先进的,但并不代表剪刀、铅笔就会被淘汰,正如电脑出现,纸笔也并没有消失,在一些应用场景自是有其优势。但是不用说,文字处理器的估值定然跟剪刀、铅笔不是一个等级,目前的价格还没有展现出真正的差距,因为在当下, prime编辑还需更多的检验。



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