生物信息学【1】：cBioPortal数据库

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生物信息学【1】：cBioPortal数据库

2023-09-16 11:24| 来源: 网络整理| 查看: 265

cBioPortal（cBio Cancer Genomics Portal综合分析癌症基因和临床资料）

• 官方网址： www.cbioportal.org/

• 简介： cBioPortal 网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据，包括TCGA和ICGC等大型的肿瘤研究项目，涵盖了两万八千例标本的数据，此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。cBioPortal无需注册就能直接使用，而且提供一些小工具方便用户生成文章级别的图表，非常贴近用户的需求。 • 研究背景　　随着芯片和高通量测序技术的广泛应用，在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据，特别是像The Cancer Genome Atlas（TCGA）、International Cancer Genome Consortium（ICGC）等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成，积累了大量的基因组学数据，这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山，同时也产生了各种各样的数据库以满足不同的研究需求。　　对数据库的灵活运用已经成为科研工作者所必须掌握的基本技能，对于这些数据库，数量非常多，很多人都在问有没有一个数据库能一次得到多个结果，学习肿瘤基因组学数据库的利器：cBioPortal 网站。

cBioPortal数据库使用 1 cBioPortal 简介2 主界面介绍3 在线分析3.1 选择各种参数3.2 查看检测结果(oncoprint)3.2.1 工具栏的功能（1）3.2.2 工具栏的功能（2） 3.3 查看检测结果(Cancer Types Summary)3.4 查看检测结果(Mutual Exclusivity)3.5 查看检测结果(Plot)3.5 查看检测结果(Mutations)3.5 查看检测结果(Co-Expression)3.5 查看检测结果(Enrichments)3.5 查看检测结果(Network) 4 功能栏的设置5 检测结果下载

1 cBioPortal 简介

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2 主界面介绍

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3 在线分析 3.1 选择各种参数

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3.2 查看检测结果(oncoprint)

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3.2.1 工具栏的功能（1）

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3.2.2 工具栏的功能（2）

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3.3 查看检测结果(Cancer Types Summary)

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3.4 查看检测结果(Mutual Exclusivity)

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3.5 查看检测结果(Plot)

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3.5 查看检测结果(Mutations)

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3.5 查看检测结果(Co-Expression)

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3.5 查看检测结果(Enrichments)

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3.5 查看检测结果(Network)

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4 功能栏的设置

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5 检测结果下载

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参考文章：

查看TCGA肿瘤数据，并用图形化界面进行分析：　http://www.360doc.com/content/19/1224/13/68068867_881785176.shtml 　https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079564?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-title-1&spm=1001.2101.3001.4242cBioPortal数据库的使用教程：　http://www.360doc.com/content/20/0502/21/45852776_909857256.shtml 　https://blog.csdn.net/yjj18636810884/article/details/86612148参考文档：cBioPortal数据库　https://wenku.baidu.com/view/35e59bb076c66137ee0619d0.html

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