为了判断患者是否符合治疗标准，第1次认真地看患者NGS报告，尽管手上这本不是主流NGS的报告，预计报告的结构应该类似：

检测报告厚厚一本，是实体瘤精准⽤药检测全景版(539基因)(组织版)，主要包括以下几个方面：1.基础信息 2.检测方案 3.关键信息摘要4.基因变异结果5.结果分析6.质控及说明

基础信息：包括患者基础信息，疾病诊断，标本类型，采样部位，送检时间 

检测方案：本患者的检测方案是大Panel，涵盖：1.检测EGFR、ALK、ROS1、KET、c-MET、HER-2、NTRK等等基因，判断是否可以靶向治疗。2.检测MSI、TMB等，判断免疫治疗是否敏感。3.化疗多态性检测：检测与化疗药物相关的一些基因，判断化疗药物是否原发耐药和是否毒性比较大。4. 肿瘤遗传易感筛查：检测一些与遗传因素相关的基因，了解肿瘤发生的可能原因，判断后代是否发病率高。在本次检测中增加了HRRR通路基因,可能考虑到（PARPi）可增加肿瘤突变负荷、提高 PD-L1 表达，以增强 免疫治疗的反应率。

关键信息摘要：1. 总体来说是临床意义不明确的基因变异（但是这和目前的情况，他对于是有差异的，这步NGS公司都是如何来做定义，又是否统一，还是比较困惑）2.靶向用药提示：基因第1点没有分析出来有意义的变异，这里没有分析出来用药就不足为奇了3.其他用药，推荐的是瑞格菲尼 4.MSI，表达为MSS(微卫星稳定型）5.遗传信息解读：普通风险 6.HRR 未检出 7.化疗：铂类敏感，5-FU/卡培他滨；伊⽴替康；紫杉类副作用低。

基因变异结果：竟然是没有，从拿到这个报告，如果直接看到这里的话，也是挺崩溃的，毕竟花了好几万或者上万，最后的结果是没有可用的靶向药！更不要谈深入的突变丰度，拷贝数，变异分级了。

但是有一些基本专业用语可以借鉴：

基因突变： “exon”为外显⼦，“intron”为内含⼦，“c”为DNA序列，“p”为蛋⽩质，“NM”为基因的转录本编号。

常⻅突变类型展⽰及说明如下：

（1）错义突变：如L858R，表⽰第858位氨基酸由L突变为R（其中L为野⽣型氨基酸，R为突变型氨基酸）；

（2）⽆义突变：如Q171*，表⽰第171位氨基酸由Q突变为终⽌密码⼦，*代表编码终⽌；

（3）移码突变：如p.Y225Ffs*17，表⽰第225位氨基酸由Y突变为F，并继续编码16个氨基酸后终⽌；

（4）整码突变：如c.2235_2249del，p.E746_A750del表⽰在746-750位置氨基酸发⽣缺失；

（5）剪切突变：如c.36+1G>T，表⽰c.36前⾯⼀个外显⼦的最后⼀个碱基位于编码区36位，+1代表这个外显⼦挨着的后⾯的内含⼦的第⼀个核苷酸发⽣突变，碱基由G突变为T；

（6）融合突变：如EML4(Exon1-6)-ALK(Exon20-29)融合，表⽰EML4基因的第1-6外显⼦和ALK基因的第20-29外显⼦发⽣基因重排，预测会形成EML4(Exon1-6)-ALK(Exon20-29)基因的融合蛋⽩；

（7）拷⻉数变异：如拷⻉数扩增/缺失，表⽰基因发⽣了拷⻉数扩增/缺失变异。

突变丰度：在某位点产⽣突变的等位基因在该位点全部等位基因中所占⽐率。例如，突变丰度10%意为该位点含有10%的突变等位基因和90% 的野⽣型等位基因。基因拷⻉数：是指某⼀种基因或某⼀段特定的DNA序列在单倍体基因组中出现的数⽬。

肿瘤突变负荷（TMB）：指肿瘤细胞基因组编码区中平均1Mb（100万个碱基）范围内所包含的体细胞变异数量（⾮同义突变和插⼊缺失突变数⽬来确定）。该计算⽅法是内部算法得出的TMB值，暂⽆明确阈值，仅供参考。美国纪念斯隆-凯特琳癌症中⼼（Memorial Sloan Kettering Cancer Center）的研究团队对接受过免疫检查点抑制剂的患者做了临床数据和基因组数据的分析，在⼤部分肿瘤组织中都发现了⼀个趋势：肿瘤突变负荷程度越⾼，患者接受免疫治疗后的整体⽣存率越⾼。同种癌组织中突变负荷值居前20%的患者，免疫检查点抑制剂的治疗显著有效。另外，不同肿瘤TMB值有⼀定差异，⽐如胰腺癌、⾁瘤、肝癌等突变负荷⼀般较低，⽽⿊⾊素瘤⼀般较⾼（PMID:30643254）。由于脑脊液样本数据量较少，本报告暂时⽆法给出该样本类型在实体瘤中的排序。

MSI状态结果说明：MSI状态分为三类：MSI-H（微卫星⾼度不稳定）；MSI-L (低度微卫星不稳定)；MSS（微卫星稳定）。

本次检测出您携带了 0 个致病性变异和 0 个疑似致病性变异。如果您有家族遗传史，可联系先声诊断做进⼀步的检测。这一点我在想，如果结果是有的，是否可以反过来宣传，对家族遗传可能性高的患者进行检测？

在临床意义尚不明确的这段，看到了成纤维母细胞生长因子受体-2，FGFR2。

文献方面，无论是指南还是共识其实都没有严格的规定多少算高多少算低，有文献显示组织突变频率＞5%左右算高表达，血液等液体＞1%左右算高表达。

也就是NGS的结论可能不是最重要的，它受限于当时做的时候的外部限制（药物和医学研发情况）和内部限制（对治疗领域的认知）；而药品行业应该加大与NGS的沟通，让创新药物的信息更快更准确地体现到NGS报告中；从医生来说，需要了解全体报告，逻辑可能是从有变异的基因中去捕获可能的治疗方案尝试信息。